Protein–RNA interactions for Protein: P49754

VPS41, Vacuolar protein sorting-associated protein 41 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 854 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS41P49754 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS41P49754 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS41P49754 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS41P49754 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS41P49754 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS41P49754 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS41P49754 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS41P49754 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS41P49754 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS41P49754 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS41P49754 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS41P49754 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS41P49754 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS41P49754 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS41P49754 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS41P49754 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS41P49754 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS41P49754 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS41P49754 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS41P49754 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS41P49754 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS41P49754 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS41P49754 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS41P49754 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS41P49754 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS41P49754 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS41P49754 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS41P49754 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS41P49754 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS41P49754 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS41P49754 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS41P49754 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS41P49754 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS41P49754 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS41P49754 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS41P49754 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS41P49754 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS41P49754 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS41P49754 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS41P49754 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS41P49754 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS41P49754 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS41P49754 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS41P49754 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS41P49754 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS41P49754 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS41P49754 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS41P49754 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS41P49754 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS41P49754 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS41P49754 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS41P49754 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS41P49754 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS41P49754 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS41P49754 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS41P49754 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS41P49754 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS41P49754 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS41P49754 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC23.89■■□□□ 1.42
VPS41P49754 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
VPS41P49754 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
VPS41P49754 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
VPS41P49754 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS41P49754 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS41P49754 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS41P49754 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS41P49754 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS41P49754 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS41P49754 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS41P49754 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS41P49754 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS41P49754 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS41P49754 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS41P49754 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS41P49754 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS41P49754 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS41P49754 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS41P49754 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS41P49754 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS41P49754 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS41P49754 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS41P49754 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS41P49754 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS41P49754 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS41P49754 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS41P49754 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS41P49754 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS41P49754 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS41P49754 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS41P49754 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS41P49754 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS41P49754 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS41P49754 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS41P49754 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS41P49754 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS41P49754 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS41P49754 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS41P49754 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS41P49754 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS41P49754 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.6 ms