Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SCN4AP35499 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
SCN4AP35499 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC28■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC28■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC27.99■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC27.99■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC27.97■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC27.97■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC27.95■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.07
SCN4AP35499 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC27.95■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
SCN4AP35499 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17 ms