Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC31.22■■■□□ 2.59
HOXC9P31274 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC31.22■■■□□ 2.59
HOXC9P31274 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC31.22■■■□□ 2.59
HOXC9P31274 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
HOXC9P31274 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC31.22■■■□□ 2.59
HOXC9P31274 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC31.21■■■□□ 2.59
HOXC9P31274 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
HOXC9P31274 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC31.21■■■□□ 2.59
HOXC9P31274 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
HOXC9P31274 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.59
HOXC9P31274 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC31.2■■■□□ 2.59
HOXC9P31274 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.2■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC31.2■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.19■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC31.19■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.18■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC31.18■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.17■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.17■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.16■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC31.16■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC31.16■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC31.16■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC31.16■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC31.15■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC31.15■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC31.15■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.14■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC31.14■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
HOXC9P31274 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC31.13■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC31.13■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.13■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.11■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC31.11■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC31.1■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.1■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC31.1■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.1■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.09■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC31.09■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC31.09■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC31.09■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC31.09■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC31.09■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.09■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC31.09■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC31.08■■■□□ 2.57
HOXC9P31274 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC31.07■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.07■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC31.07■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC31.07■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC31.07■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.06■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC31.06■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC31.06■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC31.05■■■□□ 2.56
HOXC9P31274 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC31.05■■■□□ 2.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms