Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
COL6A1P12109 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC25.89■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC25.89■■□□□ 1.74
COL6A1P12109 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC25.88■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC25.86■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.6 ms