Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 NPY4R-202ENST00000612632 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 NPY4R2-202ENST00000613306 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 PLPPR4-203ENST00000457765 4846 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 SLC47A1-209ENST00000575023 2224 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 C15orf62-201ENST00000344320 2370 ntAPPRIS P1 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 ZNF581-203ENST00000587252 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 CCDC112-205ENST00000506442 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 MARCKS-201ENST00000612661 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 DDX1-207ENST00000617198 2257 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 PIGT-201ENST00000279035 1880 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 ADCYAP1R1-203ENST00000409363 1889 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 GLMP-214ENST00000614643 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 SLC41A3-211ENST00000508835 1480 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 KIF26A-201ENST00000315264 6714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 HCRTR1-202ENST00000373706 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 NKAIN1-201ENST00000373736 2589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 ATG10-203ENST00000458350 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 MEF2A-204ENST00000557785 2854 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 BRSK2-204ENST00000526678 2091 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 ITGA3-202ENST00000320031 4888 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 RPS15-201ENST00000233609 534 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 CD8B-204ENST00000393759 1096 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 IP6K2-205ENST00000413298 792 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 LINC01006-202ENST00000418309 640 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 DERL3-208ENST00000476077 969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AL391280.1-201ENST00000506969 1062 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 SEC23A-204ENST00000548032 907 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 SYT17-208ENST00000568433 812 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AC110285.3-201ENST00000574472 665 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 RN7SL163P-201ENST00000583100 276 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 RPS15-205ENST00000586686 562 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 RPS15-208ENST00000591804 711 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 RPS15-209ENST00000592588 510 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 HDDC2-204ENST00000608295 879 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AC103691.2-201ENST00000618824 433 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 LINC01669-205ENST00000624561 713 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AL805961.1-201ENST00000642026 753 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 TAF6-209ENST00000452041 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 TOR4A-201ENST00000357503 4148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 PPP2R2B-206ENST00000453001 2569 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 RAB31-207ENST00000578921 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 HEG1-201ENST00000311127 9156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 SNHG20-204ENST00000566583 1338 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 WDR83-201ENST00000418543 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 ZNF697-201ENST00000421812 5041 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 SQOR-208ENST00000568606 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 DCST1-202ENST00000368419 2207 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 GOLM1-203ENST00000388712 3046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 PDE4A-201ENST00000293683 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 PRSS54-201ENST00000219301 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 ARHGEF4-205ENST00000409359 5489 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 MPP1-204ENST00000393531 1389 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 TUBA8-202ENST00000330423 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AC079922.2-201ENST00000457336 2022 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 MEIS3-210ENST00000561096 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 MGAT2-201ENST00000305386 2687 ntAPPRIS P1 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 UNC5C-203ENST00000506749 2220 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 PPP1CB-202ENST00000358506 4771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 RHOXF1-201ENST00000217999 769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AK1-202ENST00000373156 757 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 MCFD2-204ENST00000409207 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 CHID1-202ENST00000429789 1289 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AC006335.1-201ENST00000445200 547 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 BX322559.1-201ENST00000456613 319 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 ARHGEF26-AS1-201ENST00000467912 628 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 SZRD1-203ENST00000471507 892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 TAPBP-241ENST00000489157 1299 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 TMEM258-204ENST00000537328 575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 UBL5-208ENST00000593087 320 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AC004923.1-202ENST00000642106 209 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 SEPHS2-201ENST00000478753 2551 ntAPPRIS P1 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 PCDHA12-202ENST00000613593 2588 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 PNMA6E-202ENST00000633844 2596 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 TK1-201ENST00000301634 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC4-204ENST00000396709 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 BTBD11-205ENST00000490090 4614 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 UPK3BL1-201ENST00000340457 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 HTR4-209ENST00000521530 1323 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 FBXL12-206ENST00000588922 1843 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 PODNL1-202ENST00000339560 2165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 SNUPN-206ENST00000564675 1682 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 ADAMTSL5-201ENST00000330475 2857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 P2RX5-208ENST00000552050 1536 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 FAM46A-201ENST00000320172 5609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AKAP9-205ENST00000394564 1356 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 SHISA5-210ENST00000444115 2081 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AC092171.3-201ENST00000610122 2651 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 NR2E1-202ENST00000368986 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 SLFNL1-201ENST00000302946 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 HSFX1-201ENST00000370416 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 RHD-206ENST00000423810 1637 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 ARF5-201ENST00000000233 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.8 ms