Protein–RNA interactions for Protein: Q07654

TFF3, Trefoil factor 3, humanhuman

Predictions only

Length 80 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TFF3Q07654 ABBA01031663.1-201ENST00000635630 790 ntBASIC13.66□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 EPHX2-201ENST00000380476 2064 ntTSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 SAMM50-201ENST00000350028 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 SASH3-201ENST00000356892 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 ZDHHC13-201ENST00000399351 2283 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 CLUH-202ENST00000570628 5244 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 CBX6-202ENST00000407418 6122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 DACT1-202ENST00000395153 3734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.66□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 FAM131B-206ENST00000443739 4382 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 LMNA-203ENST00000368297 1679 ntTSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 TRIM24-202ENST00000415680 3799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 PPP1R26-205ENST00000605286 4744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 UCKL1-203ENST00000369908 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 SYT6-201ENST00000369547 4369 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 NKX3-1-201ENST00000380871 3271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 AGTPBP1-201ENST00000337006 4473 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 RALYL-208ENST00000522455 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 AIFM1-201ENST00000287295 2260 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 PSME3-202ENST00000441946 2944 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 TBL3-205ENST00000568546 6803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 NPNT-201ENST00000305572 3003 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 MIER1-205ENST00000371014 1728 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 CYP2R1-207ENST00000532378 1746 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 RBPMS2-202ENST00000560606 1746 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 NRXN1-229ENST00000628515 3243 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 SHMT2-232ENST00000557487 1918 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 LINC02370-201ENST00000428272 2009 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 TEX29-201ENST00000283547 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 CRABP1-201ENST00000299529 772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 CDK2-202ENST00000354056 1260 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 RAB4B-201ENST00000357052 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 GUK1-206ENST00000366723 845 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 VAMP1-203ENST00000400911 1068 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 FAM197Y7-201ENST00000432892 766 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 CENPM-208ENST00000472374 541 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 APOPT1-207ENST00000477116 906 ntTSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 LCN10-206ENST00000527229 615 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 AKIP1-210ENST00000534147 1022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 GABARAPL1-217ENST00000545887 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 AC091891.1-201ENST00000560688 688 ntTSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 TRAPPC2L-206ENST00000564365 1060 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 ARL16-210ENST00000574938 751 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 AC005262.2-201ENST00000587701 452 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 EBAG9-209ENST00000614147 1179 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 PRKN-211ENST00000615065 261 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 AP005019.2-201ENST00000615104 511 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 AKAP9-205ENST00000394564 1356 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 F7-201ENST00000346342 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 NBPF15-202ENST00000488031 4535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 AC103702.1-201ENST00000548801 2630 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 SUFU-202ENST00000369902 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 KRT35-202ENST00000393989 1670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 SYVN1-202ENST00000307289 2841 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 SIGLEC7-202ENST00000317643 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 STK4-AS1-201ENST00000434401 2065 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 RUSC1-201ENST00000292254 2163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 AFTPH-201ENST00000238855 4113 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 ZNF134-201ENST00000396161 4914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 DYM-201ENST00000269445 5049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
TFF3Q07654 PEG3-206ENST00000598410 5304 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 UBE3B-212ENST00000540230 1541 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 RCOR3-204ENST00000452621 1827 ntTSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 GPS1-202ENST00000320548 1949 ntTSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 HSD3B7-201ENST00000262520 2200 ntTSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 VPS16-203ENST00000380469 2318 ntTSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 CEP72-201ENST00000264935 2434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 MFSD1-203ENST00000415822 2423 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 ZNF514-201ENST00000295208 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 PMS1-212ENST00000432292 3234 ntTSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 GIGYF1-201ENST00000275732 6530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 TSC22D4-201ENST00000300181 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 TTLL3-213ENST00000430793 2097 ntTSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 TGIF1-201ENST00000330513 1980 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 CERNA1-202ENST00000560518 1972 ntTSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 F3-202ENST00000370207 1879 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 SAE1-202ENST00000392776 1851 ntTSL 3 BASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 TK1-203ENST00000588734 1681 ntTSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 AL138709.1-201ENST00000614840 1693 ntBASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 EIF4EBP3-201ENST00000310331 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 SH3BGR-201ENST00000333634 1251 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 RPL13A-201ENST00000391857 1181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 AL133267.1-201ENST00000398220 340 ntBASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 SUN1-204ENST00000403868 978 ntTSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 DMKN-204ENST00000408915 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 C17orf51-202ENST00000412778 877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 AC007731.4-201ENST00000420225 652 ntTSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 AC128709.2-201ENST00000438408 558 ntTSL 4 BASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 AL049698.1-202ENST00000441716 757 ntTSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 Z93015.1-201ENST00000451718 390 ntBASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 AP001582.1-201ENST00000525856 295 ntBASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 AP001258.2-201ENST00000529891 490 ntBASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 AC078819.1-201ENST00000547454 765 ntBASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 AC012085.1-201ENST00000548270 765 ntBASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 AC026495.1-203ENST00000557528 906 ntTSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 TUBB8-202ENST00000562809 820 ntTSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
TFF3Q07654 YIF1B-216ENST00000592694 1181 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.8 ms