Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 MAMSTR-201ENST00000318083 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 TMEM92-201ENST00000300433 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 TMEM169-204ENST00000437356 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 C16orf54-201ENST00000329410 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 PAK1-210ENST00000528203 1878 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 CUX1-211ENST00000546411 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 CD2BP2-203ENST00000569466 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 TBC1D1-219ENST00000615497 2383 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 PRMT2-207ENST00000440086 1932 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 MAP2K7-201ENST00000397979 3361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 FUT3-209ENST00000589918 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 ARNTL2-208ENST00000544915 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 MLEC-201ENST00000228506 6626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 VASH1-203ENST00000554237 1462 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 FAM156A-206ENST00000612915 2233 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 TNFRSF14-AS1-201ENST00000416860 3522 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 MRPL58-201ENST00000301585 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 ITIH1-202ENST00000405128 1122 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AC098850.1-201ENST00000419919 790 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 DFFBP1-201ENST00000433250 979 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 PFN2-205ENST00000461868 613 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 LINC01605-204ENST00000522718 1093 ntTSL 3 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AP002008.1-201ENST00000530283 1155 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AP006621.2-201ENST00000533938 284 ntTSL 3 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 TRAPPC2L-206ENST00000564365 1060 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 AC026471.2-201ENST00000569782 655 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 SMCO4-206ENST00000596676 180 ntAPPRIS P1 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 NDUFS7-218ENST00000618074 688 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 NDUFS7-219ENST00000620479 754 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 TAMM41-212ENST00000630288 607 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 SLC39A9-209ENST00000556605 2065 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 TPCN1-201ENST00000335509 5274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 ANKRD42-208ENST00000531895 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 CDCP2-201ENST00000371330 2723 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 TDH-201ENST00000525246 1357 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 PSD-201ENST00000020673 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 PEG3-206ENST00000598410 5304 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 TMTC1-206ENST00000551659 4228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 ANKS6-202ENST00000375019 2586 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 DUOX1-202ENST00000389037 5483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.46
VPS54Q9P1Q0 CTSD-207ENST00000636571 1790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 TNKS1BP1-207ENST00000532437 5952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 ADARB1-202ENST00000360697 6604 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 POMK-203ENST00000614426 1527 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 RGL3-201ENST00000380456 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 H2BFWT-201ENST00000217926 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 KRTAP6-3-201ENST00000391624 636 ntAPPRIS P1 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 RABL2A-203ENST00000393166 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 RPL5P21-201ENST00000404620 815 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 MEP1AP4-201ENST00000423244 1087 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 MOGAT3-203ENST00000440203 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 TERF1P3-201ENST00000505638 1227 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 AC021491.2-201ENST00000513017 607 ntTSL 3 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 FADS2-205ENST00000517839 469 ntTSL 3 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 API5-211ENST00000534695 560 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 CDK4-206ENST00000549606 558 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 IL32-234ENST00000552936 713 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 AP001033.1-201ENST00000584509 466 ntTSL 3 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 AC092364.2-202ENST00000597012 1073 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 GRIA3-205ENST00000611689 936 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 TMEM179-205ENST00000615704 636 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 NID2-208ENST00000617139 3827 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 LARP6-201ENST00000299213 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 ALPI-201ENST00000295463 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 LHX5-201ENST00000261731 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 CEACAM19-202ENST00000403660 1982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 PSMD14-201ENST00000409682 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 ADPRHL1-202ENST00000375418 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 UGT8-201ENST00000310836 4084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 EPS8L2-231ENST00000614442 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 DBH-AS1-201ENST00000425189 2139 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 ELMOD1-201ENST00000265840 2852 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 LYPLA1-214ENST00000618741 2526 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 ATP2A2-204ENST00000539276 4094 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 TRA2B-205ENST00000453386 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 GOLGA8H-201ENST00000566740 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 GOLGA8J-201ENST00000567927 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 SYNRG-222ENST00000614941 3406 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 SIGLEC8-203ENST00000430817 1528 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 AC126365.1-201ENST00000578585 1514 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 SYT1-201ENST00000261205 4808 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 SLC39A1-201ENST00000310483 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 NME7-201ENST00000367811 1642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 BDP1-202ENST00000380675 2861 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 SOCS2-212ENST00000622746 2881 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 SMAP1-202ENST00000370452 2491 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 AC023157.3-201ENST00000619086 2088 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 SLC6A8-201ENST00000253122 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 CALY-202ENST00000368555 783 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 AC106886.2-201ENST00000483578 883 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 NPHP3-AS1-201ENST00000489343 2957 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 AC055854.1-201ENST00000523627 570 ntTSL 4 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 TMEM218-210ENST00000529609 734 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 CHMP4A-204ENST00000530996 967 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 FAM212B-207ENST00000534365 1217 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 AC190387.1-201ENST00000551683 408 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 TUBB3-203ENST00000553967 736 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 GREM1-201ENST00000560677 623 ntTSL 4 BASIC17.88■□□□□ 0.45
VPS54Q9P1Q0 LINC01975-201ENST00000571890 549 ntTSL 4 BASIC17.88■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.3 ms