Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 ARMC5-204ENST00000538189 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 RBM14-201ENST00000310137 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 EMC4-201ENST00000249209 852 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 POLD4-201ENST00000312419 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 GBGT1-202ENST00000372038 847 ntTSL 3 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 BRWD1P1-201ENST00000401091 371 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 FO393414.2-201ENST00000405153 598 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 SFTPC-202ENST00000437090 773 ntTSL 3 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AL606534.2-205ENST00000437691 346 ntTSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 ZMYND10-AS1-201ENST00000440013 250 ntTSL 3 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 RHOA-206ENST00000454011 889 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 GSTZ1-219ENST00000557639 873 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 CMC2-214ENST00000565925 640 ntTSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 HAUS2-207ENST00000568846 709 ntTSL 3 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 GNRHR2-203ENST00000581100 1187 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 RN7SL219P-201ENST00000582872 296 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC074044.1-201ENST00000609673 707 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 WFDC1-204ENST00000613603 549 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 RPP40-207ENST00000618533 1056 ntTSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 FBXO15-201ENST00000419743 1708 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 TBP-206ENST00000540980 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 ZNF19-208ENST00000565637 2612 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 EPHX2-202ENST00000517536 1600 ntTSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 LFNG-204ENST00000402045 2058 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 AC022613.1-201ENST00000536835 2530 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 IDH3B-201ENST00000380843 1545 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 TM6SF2-201ENST00000389363 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 ADAM15-201ENST00000271836 2799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 ARHGEF1-219ENST00000599846 3393 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 PRSS54-204ENST00000567164 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 RBBP8-201ENST00000327155 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
CHD3Q12873 CLCN2-202ENST00000344937 3187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 DEPDC5-203ENST00000400242 2395 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 PKN1-202ENST00000342216 2960 ntTSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 PAQR6-214ENST00000613336 1599 ntTSL 3 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 PSD-201ENST00000020673 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 ACSL1-202ENST00000454703 3636 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 CLCN2-201ENST00000265593 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 PPFIA3-201ENST00000334186 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 SYBU-208ENST00000440310 3072 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 CCHCR1-202ENST00000396263 2490 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 GFOD1-206ENST00000612338 2481 ntTSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 ATP5D-202ENST00000395633 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC007952.1-202ENST00000399083 1173 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 MIR1247-201ENST00000408206 136 ntBASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 TMEM210-201ENST00000413619 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 FAM197Y5-201ENST00000423213 765 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 ABHD11-AS1-201ENST00000427153 662 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 KRT18P64-201ENST00000434946 1219 ntBASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 KDM4A-AS1-204ENST00000439057 686 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 IGFBP2-204ENST00000456764 846 ntTSL 3 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 FLJ27354-203ENST00000526694 851 ntTSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC005342.2-201ENST00000544163 315 ntTSL 3 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 OIP5-AS1-209ENST00000561226 775 ntTSL 3 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC138028.3-201ENST00000561699 213 ntTSL 3 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 RARRES2P5-201ENST00000564013 466 ntBASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 MIR4313-201ENST00000580760 101 ntBASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC004477.1-202ENST00000584428 539 ntTSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 LINC01663-201ENST00000614596 535 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 NOP16-209ENST00000618911 1087 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 WNT11-204ENST00000621122 789 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC106017.2-201ENST00000631194 1173 ntTSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 ABCA1-203ENST00000423487 1540 ntTSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 BCAR1-204ENST00000418647 3387 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 BCS1L-205ENST00000412366 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 VPS26A-201ENST00000263559 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 COL8A2-202ENST00000397799 4670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 NID2-208ENST00000617139 3827 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 BTD-207ENST00000449107 1820 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 MCHR2-202ENST00000369212 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 PHLDA1-201ENST00000266671 8069 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 ING1-203ENST00000375774 2870 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 CPA1-201ENST00000011292 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 RAPSN-203ENST00000524487 1462 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 SLC3A2-208ENST00000536981 1486 ntTSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 IER5-201ENST00000367577 4188 ntAPPRIS P1 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 SFRP1-201ENST00000220772 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 MSI2-206ENST00000579180 1635 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 GRK5-202ENST00000392870 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 LEF1-202ENST00000379951 3477 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 TBP-207ENST00000616883 1750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 FAM215B-201ENST00000458392 2183 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 CASK-203ENST00000378163 4411 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 GK2-201ENST00000358842 1942 ntAPPRIS P1 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 PLVAP-201ENST00000252590 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 PARP16-201ENST00000261888 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 ZBTB11-AS1-201ENST00000609682 2743 ntBASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 TFF2-201ENST00000291526 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AL161638.1-201ENST00000420354 481 ntTSL 3 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC017116.1-201ENST00000445938 708 ntTSL 3 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC018685.1-201ENST00000457813 368 ntTSL 3 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AL513217.1-202ENST00000458139 600 ntTSL 3 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 ELK1P1-201ENST00000485699 580 ntBASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 CNOT8-210ENST00000519404 945 ntTSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 CNOT8-214ENST00000520671 923 ntTSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 CNOT8-218ENST00000521583 1151 ntTSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 MFF-223ENST00000524634 647 ntTSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 AC123786.1-201ENST00000581626 661 ntTSL 3 BASIC13.39□□□□□ -0.27
CHD3Q12873 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC13.39□□□□□ -0.27
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