Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 PRG2-201ENST00000311862 1424 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 HS6ST2-201ENST00000370833 1938 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 TMC4-209ENST00000617472 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 ZFP3-201ENST00000318833 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 ASIC3-203ENST00000357922 2232 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 SLC18B1-201ENST00000275227 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 RASSF6-202ENST00000335049 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 TMEM138-201ENST00000278826 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 KLHDC8A-205ENST00000539253 2931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 DPP9-AS1-201ENST00000381796 3071 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 RBM47-212ENST00000514014 2419 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 BNIP1-201ENST00000231668 1339 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 LAPTM4B-201ENST00000445593 3173 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD30BP2-201ENST00000435744 1610 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 FADS3-207ENST00000527697 1640 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 PTPRO-209ENST00000543886 2070 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 NEDD1-213ENST00000557644 2367 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 RAB23-202ENST00000468148 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 AASDHPPT-201ENST00000278618 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 HIST3H2A-201ENST00000366695 895 ntAPPRIS P1 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 S100A2-203ENST00000368709 457 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 AIMP2-202ENST00000395236 860 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 ZGLP1-202ENST00000403903 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 AC098935.1-201ENST00000446057 611 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 HHIP-AS1-201ENST00000503066 897 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 AC246817.2-203ENST00000517357 569 ntTSL 4 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 AC246817.2-202ENST00000519393 564 ntTSL 4 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 NCK2-206ENST00000522586 490 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 AHNAK-205ENST00000530124 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 PIGT-207ENST00000543458 2037 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 ZFAND6-211ENST00000559157 1559 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 C15orf40-211ENST00000565712 559 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 CMTM3-215ENST00000568477 687 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 AC068790.8-201ENST00000618862 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP35-201ENST00000404338 8889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 KDM5C-204ENST00000375401 6031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 FGFR3-208ENST00000481110 4217 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 RUNX2-201ENST00000359524 5390 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 GNG2-213ENST00000556766 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 U2AF2-201ENST00000308924 1698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 ZNF750-202ENST00000572562 1513 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 SNHG1-213ENST00000540725 1374 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 TMBIM1-201ENST00000258412 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 WASHC2C-209ENST00000540872 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 C9orf62-201ENST00000623103 1924 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 SNAI2-201ENST00000020945 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 HIGD1A-202ENST00000418900 1322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 TFAP2B-202ENST00000393655 5773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 LZTS3-202ENST00000337576 4238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 ALDH3B1-204ENST00000614849 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 BCAM-206ENST00000589651 2686 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 USHBP1-203ENST00000431146 2136 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 LINC01118-203ENST00000479311 1588 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 RASGRF1-203ENST00000558480 6237 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 FGFR2-215ENST00000457416 3061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 AC009292.1-201ENST00000502156 1986 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 PNLDC1-202ENST00000392167 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 MRPS12-201ENST00000308018 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 CLRN1-203ENST00000328863 738 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 PSMG4-203ENST00000380306 726 ntTSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 PIK3IP1-202ENST00000402249 999 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 NOC2LP1-201ENST00000450578 752 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 RNMTL1P1-201ENST00000454103 560 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 RN7SL8P-201ENST00000461771 266 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 AC125604.1-201ENST00000496255 707 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 AC113192.2-201ENST00000525320 308 ntTSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 AC013355.1-201ENST00000562625 723 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 NAT9-212ENST00000581136 1011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 AP001043.1-205ENST00000623098 1033 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 AC009084.3-201ENST00000623356 437 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 AL805961.1-203ENST00000641078 1258 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 AC018892.3-201ENST00000623986 2499 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 MAX-205ENST00000358664 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 NDUFA11-205ENST00000592634 2154 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 SLK-201ENST00000335753 7673 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 KRT8P29-201ENST00000420409 1371 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 NKIRAS1-203ENST00000415901 1644 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 NRIP1-203ENST00000400202 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 MAP3K1-201ENST00000399503 7011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 DENND3-201ENST00000262585 5438 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 ATP6AP2-215ENST00000636409 1962 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 KLHDC7B-201ENST00000395676 2991 ntAPPRIS P1 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 AL109910.1-201ENST00000452071 1330 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 BET1L-203ENST00000382762 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 AC004835.1-201ENST00000428222 2907 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 SLC35G1-202ENST00000427197 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 MAP3K9-201ENST00000381250 4025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 PTCH1-201ENST00000331920 8057 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 CAPRIN1-207ENST00000529307 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.6 ms