Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 MAGEA2-202ENST00000598543 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
NUP88Q99567 SLC22A6-204ENST00000458333 1521 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 TSEN2-207ENST00000454502 1909 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 FBN1-205ENST00000560355 4109 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 AC026412.1-203ENST00000507841 2338 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 ZNF767P-201ENST00000463567 3520 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC18.27■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 CDK11B-204ENST00000407249 2677 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 SYDE1-204ENST00000600440 3058 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 GRAPL-201ENST00000344415 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 ADAM9-206ENST00000481513 2387 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 PHLDB1-202ENST00000361417 5753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 PNLDC1-202ENST00000392167 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 RAD23B-201ENST00000358015 4119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 ICA1L-201ENST00000358299 3457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 FGF11-201ENST00000293829 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 DKC1-213ENST00000620277 3079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 ZNF687-201ENST00000324048 5378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 PPP1R16B-202ENST00000373331 6106 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 ANKRD19P-201ENST00000338192 862 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 S100A16-202ENST00000368704 1146 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 UCHL3-201ENST00000377595 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 HIST1H2BPS3-201ENST00000419683 341 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 AC134915.1-201ENST00000426461 574 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 TREX1-201ENST00000433541 1105 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 AC096536.1-201ENST00000443284 440 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 ZFAND2B-212ENST00000444522 1199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 AC136475.2-201ENST00000526612 392 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 ZNF7-206ENST00000528130 1134 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 GCHFR-206ENST00000561160 572 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 AC011489.1-202ENST00000586556 618 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 HIST1H3I-201ENST00000616365 411 ntAPPRIS P1 BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 MIR6752-201ENST00000618442 71 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 WNT11-204ENST00000621122 789 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 C5orf24-204ENST00000504727 2923 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 IER2-203ENST00000588173 2934 ntAPPRIS P1 BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 DYSF-207ENST00000409762 6727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 DYSF-211ENST00000429174 6739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 SLC46A2-201ENST00000374228 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 C15orf61-201ENST00000342683 4253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 EIF2B4-205ENST00000445933 1608 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 MMP2-201ENST00000219070 3741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 TDRD6-201ENST00000316081 6817 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 ARID4B-202ENST00000349213 5811 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 CPA1-201ENST00000011292 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 RASGRP2-201ENST00000354024 2310 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 ADAMTSL4-204ENST00000369041 2908 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 ATP6V1B1-202ENST00000412314 1805 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 AL596257.1-201ENST00000641463 2694 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 TOR4A-201ENST00000357503 4148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 EIF3K-203ENST00000545173 1327 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 UBR3-201ENST00000272793 8005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 FLII-221ENST00000578558 2377 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 LINC02447-202ENST00000501888 2146 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 PAM-206ENST00000438793 5432 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 ETV7-201ENST00000339796 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 SPIN3-224ENST00000639583 2245 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 RREB1-204ENST00000379938 8778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 MSI2-204ENST00000442934 1624 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 EIF2B4-206ENST00000451130 1633 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 IFI27L1-201ENST00000393115 674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 RALY-AS1-203ENST00000440595 660 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 PTPRG-AS1-205ENST00000475371 733 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 LINC01585-201ENST00000500496 1295 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 CMC2-214ENST00000565925 640 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 AC120045.2-201ENST00000567334 178 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 SMCO4-206ENST00000596676 180 ntAPPRIS P1 BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 ZNF83-215ENST00000600714 810 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 MIR6805-201ENST00000615055 62 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 MIR6775-201ENST00000617557 69 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 NDRG2-209ENST00000397853 2079 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 NTRK2-205ENST00000376208 8178 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 SLC37A1-201ENST00000352133 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 AC018665.1-201ENST00000622927 1362 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 ZBTB10-203ENST00000430430 10132 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 PRKCZ-202ENST00000400921 2294 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 RAB38-201ENST00000243662 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 GPR89B-201ENST00000314163 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 MICALL1-201ENST00000215957 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 GEM-202ENST00000396194 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 LONRF1-201ENST00000398246 3594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 C17orf74-201ENST00000333870 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 MYCBPAP-203ENST00000436259 3102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 CACFD1-201ENST00000291722 2688 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 AP000253.1-201ENST00000449339 2233 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 ZNF131-214ENST00000509634 3340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 CTSW-201ENST00000307886 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 AC006504.5-203ENST00000590628 1335 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 COL26A1-203ENST00000613501 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 DYNLL2-201ENST00000579991 6805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 ARFGAP1-210ENST00000519273 3176 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 GNAQ-201ENST00000286548 6539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 MBD4-206ENST00000507208 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 TCP10-201ENST00000366827 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 CHD1L-203ENST00000369259 2358 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 SLC17A9-201ENST00000370349 2594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 MAP4K1-208ENST00000589130 2654 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
NUP88Q99567 HPCAL1-207ENST00000620771 1941 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.3 ms