Protein–RNA interactions for Protein: Q6NUP7

PPP4R4, Serine/threonine-protein phosphatase 4 regulatory subunit 4, humanhuman

Predictions only

Length 873 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PPP4R4Q6NUP7 RABL2B-204ENST00000395593 2341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
PPP4R4Q6NUP7 DUS2-207ENST00000565263 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
PPP4R4Q6NUP7 SNX14-202ENST00000346348 3348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
PPP4R4Q6NUP7 GAD2-201ENST00000259271 2462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
PPP4R4Q6NUP7 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
PPP4R4Q6NUP7 IRF2BP2-201ENST00000366609 4663 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
PPP4R4Q6NUP7 TMEM38A-201ENST00000187762 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
PPP4R4Q6NUP7 UBE3A-204ENST00000438097 8939 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
PPP4R4Q6NUP7 AMPD3-203ENST00000396554 3806 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
PPP4R4Q6NUP7 ITGB2-206ENST00000397852 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
PPP4R4Q6NUP7 CTBP1-AS2-205ENST00000578730 2757 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
PPP4R4Q6NUP7 HNF4G-201ENST00000354370 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
PPP4R4Q6NUP7 TRIM17-205ENST00000456946 1731 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
PPP4R4Q6NUP7 ATP2A3-204ENST00000397035 4182 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
PPP4R4Q6NUP7 GRB2-201ENST00000316615 3181 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
PPP4R4Q6NUP7 SEMA5B-201ENST00000195173 4523 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
PPP4R4Q6NUP7 PCDH10-203ENST00000618019 4574 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.05■□□□□ 0
PPP4R4Q6NUP7 CACNA2D1-202ENST00000356860 7563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
PPP4R4Q6NUP7 INPP5D-201ENST00000359570 5274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
PPP4R4Q6NUP7 RUNDC1-201ENST00000361677 3828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
PPP4R4Q6NUP7 SUGP2-215ENST00000601879 5546 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
PPP4R4Q6NUP7 DHCR7-202ENST00000407721 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
PPP4R4Q6NUP7 FOLH1-202ENST00000340334 2697 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
PPP4R4Q6NUP7 CSDC2-201ENST00000306149 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
PPP4R4Q6NUP7 BAG1-210ENST00000634734 3786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 RPS17-201ENST00000330244 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 FALEC-201ENST00000416894 566 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC15.05■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC15.05■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 HOXC-AS3-202ENST00000513165 533 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 CD7-202ENST00000578509 925 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 AC097376.2-204ENST00000609359 627 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 AL121832.1-201ENST00000615180 677 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 C20orf181-201ENST00000623918 480 ntBASIC15.05■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 STARD3NL-204ENST00000434197 1341 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 AC126365.1-201ENST00000578585 1514 ntBASIC15.05■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 LYPD5-203ENST00000594013 1519 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 PCDHB14-201ENST00000239449 4828 ntAPPRIS P1 BASIC15.05■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 NDUFB2-AS1-201ENST00000465466 1648 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 TSEN2-207ENST00000454502 1909 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 ADGRE2-208ENST00000595839 2046 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 MAGEA8-204ENST00000535454 2112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 GORAB-202ENST00000367763 2189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 AL662899.1-201ENST00000461287 2332 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 B4GALT3-213ENST00000622395 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 ARNT2-204ENST00000527771 2458 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 AJ011931.1-201ENST00000618749 2492 ntBASIC15.05■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 AC007686.3-201ENST00000619017 3487 ntBASIC15.05■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 ARAP1-203ENST00000393605 4778 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 IGSF1-204ENST00000370903 4594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 ZNF800-201ENST00000265827 4203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 PATZ1-204ENST00000405309 3711 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 CLCN1-201ENST00000343257 3172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 TMCO3-202ENST00000434316 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 PIDD1-202ENST00000411829 2886 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 FSIP1-201ENST00000350221 2805 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 SEC24D-202ENST00000419654 2786 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 ANK1-205ENST00000347528 8237 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 VPS26A-201ENST00000263559 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 CNOT8-201ENST00000285896 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 AL390038.1-201ENST00000419814 2481 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 AL359258.1-201ENST00000438965 2481 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 SLC35C2-202ENST00000317734 2175 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 WDR25-204ENST00000554175 2055 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 CHEK2-204ENST00000382580 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 GMPR2-231ENST00000620807 1910 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 C2orf48-201ENST00000381786 1897 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 AL591845.1-201ENST00000373137 1838 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 ADRA1A-202ENST00000354550 1765 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 RNF167-211ENST00000575111 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 GPKOW-201ENST00000156109 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 GALNT9-202ENST00000397325 1727 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 TEX264-202ENST00000395057 1555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 ATP6V1C2-204ENST00000635370 1578 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 CASC3-201ENST00000264645 4116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 MGRN1-203ENST00000415496 6405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 DPM2-202ENST00000373110 738 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 SELENOM-202ENST00000402395 1054 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 COA5-202ENST00000409997 557 ntTSL 4 BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 TMEM210-201ENST00000413619 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 SNHG6-201ENST00000520348 648 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 MMP17-203ENST00000535004 719 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 LPO-210ENST00000582328 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 NAA60-229ENST00000575076 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 AC079336.5-201ENST00000581360 2480 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 AC123912.2-201ENST00000594927 2409 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 AKAP1-201ENST00000314126 2380 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
PPP4R4Q6NUP7 DBF4-201ENST00000265728 3907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.8 ms