Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 UAP1L1-202ENST00000409858 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 TNXB-208ENST00000611016 6083 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 NOMO1-207ENST00000610363 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ZBTB12BP-201ENST00000314232 1122 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC092933.1-201ENST00000393644 945 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 TOMM22P5-201ENST00000416399 439 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 YBX1P6-201ENST00000442962 1002 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC072022.1-201ENST00000450760 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AL157834.2-201ENST00000451737 663 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AP000552.1-208ENST00000452952 576 ntTSL 4 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 POLR2F-208ENST00000470701 584 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 CRYGN-205ENST00000491928 698 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 TIMM8B-201ENST00000504148 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC020659.2-202ENST00000512295 513 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ROPN1B-210ENST00000514116 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 CEP57L1-208ENST00000519095 908 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC116456.1-201ENST00000526646 815 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC008011.2-201ENST00000538113 792 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AP000812.2-201ENST00000538934 718 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 C12orf57-206ENST00000544681 980 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 SP100-205ENST00000409824 1802 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 FBP1-203ENST00000415431 1487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 RCN2-203ENST00000394885 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 RAI2-206ENST00000545871 2421 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 EPN1-203ENST00000411543 2621 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 SIK3-201ENST00000375300 6213 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 LFNG-205ENST00000402506 2268 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 IL12RB2-205ENST00000541374 3849 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 RUNX1-202ENST00000344691 7274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 BX276092.9-202ENST00000636096 1722 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 PITPNM1-201ENST00000356404 4225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 TBL2-205ENST00000432538 1573 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 C1RL-210ENST00000544702 1569 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 GRB7-205ENST00000445327 2197 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 CDKN2B-AS1-208ENST00000580576 2175 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 XRRA1-202ENST00000340360 5681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 TAP2-205ENST00000620123 5676 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AL591845.1-201ENST00000373137 1838 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 EIF2B4-206ENST00000451130 1633 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 TP73-213ENST00000604479 1623 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 FBLN1-202ENST00000327858 2896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 CD34-202ENST00000356522 2874 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 CDKN1A-203ENST00000405375 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 C16orf89-201ENST00000315997 1872 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 REXO1L8P-201ENST00000604378 1897 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AGFG1-202ENST00000373671 1669 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 LDB3-208ENST00000623007 1664 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 CORO2B-201ENST00000261861 3569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 CORO2B-204ENST00000566799 3566 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 EMC4-201ENST00000249209 852 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 GOLIM4-201ENST00000309027 2100 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 TSFM-201ENST00000323833 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 SS18L1-202ENST00000370848 1238 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 PLAC9-201ENST00000372263 785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 C1QBPP1-201ENST00000400117 770 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 HAUS4P1-201ENST00000406739 1145 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC016683.1-202ENST00000438409 583 ntTSL 4 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 C4orf3-202ENST00000504110 667 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AP001360.1-202ENST00000526934 479 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 RAB30-AS1-207ENST00000533708 825 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 C9orf50-202ENST00000619117 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC006453.2-202ENST00000635968 827 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 GNS-201ENST00000258145 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 RAP2C-201ENST00000342983 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 PLXNB1-202ENST00000358536 7308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 TTC29-202ENST00000398886 1729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 PGR-209ENST00000617858 2816 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ABCA1-203ENST00000423487 1540 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 LRP11-201ENST00000239367 3260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 SYT6-201ENST00000369547 4369 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ATP6V0E2-201ENST00000421974 2605 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 KHK-202ENST00000260599 2411 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 NRSN1-203ENST00000378478 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 INTS11-203ENST00000419704 1798 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 MANSC1-201ENST00000396349 2220 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 STARD7-201ENST00000337288 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 CAPZB-204ENST00000375144 1568 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 SMIM25-203ENST00000425497 2010 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 DIS3-202ENST00000377780 5232 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 GTF2H2C-201ENST00000380729 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ADORA1-204ENST00000367236 3407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ATP6V0E2-AS1-201ENST00000461019 2973 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 DYRK3-201ENST00000367106 2329 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 GDF6-201ENST00000287020 3701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 P2RX5-TAX1BP3-201ENST00000550383 5905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 CHST14-201ENST00000306243 3574 ntAPPRIS P1 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ATP4B-201ENST00000335288 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 RELT-201ENST00000064780 3535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ZNF799-201ENST00000419318 3036 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ASAH1-223ENST00000636171 2283 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 IDH3B-201ENST00000380843 1545 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 CCDC88B-201ENST00000301897 870 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 IFNL2-201ENST00000331982 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ZG16B-201ENST00000382280 831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 BAATP1-201ENST00000412284 1225 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 AC016694.1-201ENST00000434179 700 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 ZMYND10-AS1-201ENST00000440013 250 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 TAF8-204ENST00000456846 1293 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
USP39Q53GS9 DMKN-216ENST00000458071 510 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.3 ms