Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 NDRG2-203ENST00000350792 2127 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CUX1P39880 LINC00322-201ENST00000450205 699 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AC135178.1-201ENST00000458568 537 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AC090857.1-201ENST00000527400 390 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
CUX1P39880 ORAOV1-211ENST00000542341 775 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CUX1P39880 STUB1-204ENST00000564370 875 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AC008133.1-201ENST00000584688 557 ntTSL 4 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AL157813.1-201ENST00000612996 587 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
CUX1P39880 Metazoa_SRP.65-201ENST00000615602 264 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
CUX1P39880 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CUX1P39880 CNTRL-208ENST00000373865 1917 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CUX1P39880 EVA1A-202ENST00000393913 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CUX1P39880 PGAP2-205ENST00000396993 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CUX1P39880 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.67
CUX1P39880 LHCGR-202ENST00000401907 1477 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.67
CUX1P39880 PANK4-201ENST00000378466 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
CUX1P39880 RSBN1-205ENST00000615321 2418 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CUX1P39880 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CUX1P39880 CRISPLD2-203ENST00000564567 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CUX1P39880 PSMB6-201ENST00000270586 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CUX1P39880 RPL35-201ENST00000348462 455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CUX1P39880 PFN2-202ENST00000423691 911 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AL450469.2-201ENST00000427132 499 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CUX1P39880 HOXA10-AS-202ENST00000519935 1161 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CUX1P39880 ERICH5-202ENST00000545282 596 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AC011825.3-201ENST00000583184 565 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CUX1P39880 PSMB6-205ENST00000614486 871 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CUX1P39880 RPL35-206ENST00000629845 340 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AL805961.1-201ENST00000642026 753 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
CUX1P39880 PMP22-201ENST00000312280 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CUX1P39880 CDPF1-203ENST00000404583 1439 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AD000864.1-201ENST00000624076 2295 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AC020910.5-201ENST00000623668 1865 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
CUX1P39880 ATP6AP2-213ENST00000636251 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CUX1P39880 DIABLO-201ENST00000267169 1316 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CUX1P39880 RPP40-202ENST00000380051 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CUX1P39880 POLR2A-201ENST00000572844 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CUX1P39880 LINC01569-202ENST00000573042 2093 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CUX1P39880 PCSK4-201ENST00000300954 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CUX1P39880 CRLF2-201ENST00000381566 1545 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CUX1P39880 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CUX1P39880 GEM-202ENST00000396194 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CUX1P39880 UBQLN1-201ENST00000257468 2299 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CUX1P39880 OR2K2-202ENST00000374428 1038 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
CUX1P39880 TRO-205ENST00000399736 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AL139339.1-201ENST00000411906 657 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CUX1P39880 FAM153B-214ENST00000512862 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CUX1P39880 DHRS7C-202ENST00000571134 984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AC005962.1-201ENST00000584100 773 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
CUX1P39880 NCR1-206ENST00000598576 996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CUX1P39880 WT1-AS_6.1-201ENST00000614919 121 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
CUX1P39880 CHRNA7-217ENST00000636603 2012 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CUX1P39880 MBD3L2B-201ENST00000636986 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CUX1P39880 PPP1R9B-202ENST00000612501 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AL662844.4-201ENST00000606367 2838 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
CUX1P39880 COPS3-201ENST00000268717 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CUX1P39880 C5orf30-201ENST00000319933 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CUX1P39880 ASL-201ENST00000304874 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CUX1P39880 NFIX-208ENST00000587260 1537 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CUX1P39880 ADCYAP1-203ENST00000579794 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CUX1P39880 ACE-203ENST00000413513 2237 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CUX1P39880 WASHC3-201ENST00000240079 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 ODF4-201ENST00000328248 1156 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 GSG1L-201ENST00000380897 1173 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 LINC01237-201ENST00000415434 573 ntTSL 4 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AC078875.1-201ENST00000431907 724 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AL139412.1-202ENST00000452465 675 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 KRT18P66-201ENST00000452970 1269 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 NDUFS6P1-201ENST00000485187 316 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 CCKBR-204ENST00000531712 463 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 TRA2A-211ENST00000538367 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AF111169.4-201ENST00000556368 749 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 MIR3677-201ENST00000578964 60 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AC145343.1-201ENST00000579629 650 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AC079336.4-201ENST00000584219 408 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 FAM236A-201ENST00000593662 453 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 FAM236B-201ENST00000596535 465 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AC103691.2-201ENST00000618824 433 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 COX6A1P2-201ENST00000620597 330 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AC051619.9-201ENST00000623237 597 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 CNOT7-213ENST00000628418 432 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 RSPO1-203ENST00000612451 2463 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 ZBTB45P1-201ENST00000452761 1456 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 KLHL36-204ENST00000564996 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 CISH-201ENST00000348721 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 THOC6-207ENST00000574549 1300 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 SH2B3-202ENST00000538307 2062 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 MAGEA1-201ENST00000356661 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 LSM6-201ENST00000296581 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 INTS11-203ENST00000419704 1798 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 SCGN-203ENST00000612225 1402 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 OXNAD1-202ENST00000435829 1643 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 NR2C1-203ENST00000393101 1822 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 CDC25A-201ENST00000302506 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CUX1P39880 SDHAF4-201ENST00000370474 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUX1P39880 NQO2-202ENST00000380430 1098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CUX1P39880 SMIM29-202ENST00000394990 792 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.2 ms