Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 CDC25A-202ENST00000351231 3663 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
HOXC9P31274 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
HOXC9P31274 DENR-201ENST00000280557 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
HOXC9P31274 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
HOXC9P31274 BCAT2-202ENST00000402551 2041 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
HOXC9P31274 SH2D6-202ENST00000389938 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
HOXC9P31274 GHRLOS-201ENST00000439539 1708 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
HOXC9P31274 RTN1-201ENST00000267484 3435 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
HOXC9P31274 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
HOXC9P31274 SCARB2-201ENST00000264896 4792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 CNBP-208ENST00000504813 1549 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 ZNF750-202ENST00000572562 1513 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 KRT8P4-201ENST00000509735 1454 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 FKBP6-204ENST00000431982 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 CLUHP2-201ENST00000426660 1303 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 WDR54-201ENST00000348227 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 SMS-201ENST00000379404 1174 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 HNRNPA1P63-201ENST00000427917 963 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AL157373.2-201ENST00000437559 784 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 HIST2H2BB-201ENST00000449108 381 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AC093904.2-201ENST00000495580 418 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 PPP1R32-205ENST00000538185 1107 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AC025810.1-201ENST00000569986 981 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 ZACNP1-201ENST00000612259 710 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 LINC00854-216ENST00000636331 718 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AL603764.1-201ENST00000636452 321 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 ACRBP-201ENST00000229243 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 HS6ST2-201ENST00000370833 1938 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 MUTYH-206ENST00000372115 1888 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 CICP13-201ENST00000422015 2789 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 GPR161-204ENST00000367838 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AC055811.4-201ENST00000624039 1754 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 SGO1-203ENST00000412997 2587 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 TK1-201ENST00000301634 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 GDPD5-214ENST00000533784 2441 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AL139384.1-201ENST00000612143 3047 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 CATSPER2P1-203ENST00000429276 1466 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AMMECR1-201ENST00000262844 5504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 SUN2-203ENST00000406622 2725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 PSME1-202ENST00000382708 1136 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AC005730.2-201ENST00000564549 1184 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 ZSCAN32-210ENST00000573830 668 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 LGALS3BP-202ENST00000585407 936 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AL445288.1-201ENST00000610846 654 ntTSL 4 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 STPG3-204ENST00000611378 1015 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AP001002.3-201ENST00000623482 206 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AL358215.2-201ENST00000639693 946 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 ZNF418-208ENST00000599852 2501 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 GOSR2-211ENST00000623037 1814 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 GPR158-AS1-201ENST00000449643 2433 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 PRKD2-216ENST00000601806 2906 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 MEF2A-204ENST00000557785 2854 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 FEN1-201ENST00000305885 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 CCDC140-201ENST00000295226 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 EIF2B3-201ENST00000360403 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 DFNA5-202ENST00000409775 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 CAMLG-201ENST00000297156 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 CISH-202ENST00000443053 2167 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 ADCY8-201ENST00000286355 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 VKORC1L1-201ENST00000360768 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 TXNDC11-202ENST00000356957 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 TCEAL4-209ENST00000472745 1571 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 SLC27A1-201ENST00000252595 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 LRRFIP2-205ENST00000421276 2522 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 ZFAND6-207ENST00000558494 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 PSME3-202ENST00000441946 2944 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 RIMS3-201ENST00000372683 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 TSPAN17-209ENST00000515708 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 METTL9-201ENST00000358154 3256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 PYCR3-201ENST00000220966 2678 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 GAL-201ENST00000265643 818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 FAM24B-202ENST00000368898 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 VCX3B-201ENST00000381029 756 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 RPL5P21-201ENST00000404620 815 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 RPL23A-206ENST00000496182 636 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AC044849.1-201ENST00000519737 1188 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AC008750.3-201ENST00000601148 437 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AC106872.11-201ENST00000605838 421 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AC138466.3-201ENST00000619983 221 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 RAP1GDS1-203ENST00000380158 2085 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 REXO1L5P-201ENST00000622260 2098 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 SLC26A10-201ENST00000320442 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 FBF1-205ENST00000586717 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AC018755.2-201ENST00000599649 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 MMP15-201ENST00000219271 4250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AC012507.2-203ENST00000415628 1765 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 CMTM3-203ENST00000460097 1797 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 SELPLG-201ENST00000228463 1704 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 CACFD1-201ENST00000291722 2688 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 TRPC1-201ENST00000273482 4324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 LIMS2-208ENST00000410011 2335 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 93.1 ms