Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 MPV17-201ENST00000233545 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 C6orf52-201ENST00000259983 619 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 AL591684.1-201ENST00000434533 234 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 AL160290.2-202ENST00000448671 574 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 AL136982.2-201ENST00000451760 234 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 PMP22-206ENST00000494511 872 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 AP003065.1-201ENST00000540912 562 ntTSL 4 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 PRKXP1-201ENST00000561423 1122 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 AC023824.4-202ENST00000569557 849 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 C20orf141-202ENST00000603872 580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 EIF1B-AS1-201ENST00000625390 1958 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 SCGN-202ENST00000377961 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 BBS2-218ENST00000568104 2623 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 SEPHS1-201ENST00000327347 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 AC011840.2-201ENST00000563063 1520 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 AC107871.1-202ENST00000562767 3389 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 DGAT2-202ENST00000376262 2324 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 TPGS2-202ENST00000383056 1726 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 PLA1A-205ENST00000494440 1775 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 TBC1D30-203ENST00000539867 2594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 TCF3-212ENST00000588136 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 DRG2-201ENST00000225729 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 AC010491.1-201ENST00000563101 2797 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 PNRC1-203ENST00000369472 816 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 RBM38-204ENST00000371219 760 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 NPPA-201ENST00000376476 728 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 RPL17P11-201ENST00000417593 544 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 C14orf178-202ENST00000439131 632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 AC008443.1-201ENST00000511331 1000 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 AL161670.2-201ENST00000557650 1227 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 SYT17-208ENST00000568433 812 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 CMTM3-215ENST00000568477 687 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 AC004637.1-201ENST00000586675 482 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 AP003419.4-201ENST00000616071 517 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 AC002472.3-201ENST00000640124 621 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 FKBP4P6-201ENST00000457486 1332 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 IGHA2-202ENST00000497872 1320 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 FKBP6-204ENST00000431982 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 FETUB-207ENST00000450521 1410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 STMN1-203ENST00000399728 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 SERPING1-204ENST00000378324 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 APRT-201ENST00000378364 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 ARL16-201ENST00000397498 1227 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 AC010141.1-201ENST00000411585 623 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 AL136361.1-201ENST00000435429 506 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 AL133466.1-201ENST00000447582 150 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 AC012618.1-201ENST00000461223 412 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 AC005740.2-201ENST00000511085 419 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 AC008736.2-201ENST00000587554 516 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 ARL16-214ENST00000621051 1181 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 AL805961.1-203ENST00000641078 1258 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 MPZL2-202ENST00000438295 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 PTOV1-214ENST00000600603 1443 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 RNF167-211ENST00000575111 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 SH2D6-202ENST00000389938 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 AC079328.2-201ENST00000561241 3354 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 C16orf58-211ENST00000570164 2783 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 CHRNA7-217ENST00000636603 2012 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 SHOX-202ENST00000381575 1351 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 FAM177A1-202ENST00000382406 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 RN7SL181P-201ENST00000462921 277 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 CLDN11-207ENST00000486975 1139 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 AC005586.1-201ENST00000488310 577 ntTSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 AC015689.1-201ENST00000525365 462 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 AC016044.1-201ENST00000560818 572 ntTSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 LINC00621-201ENST00000577004 1177 ntTSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 NAT9-212ENST00000581136 1011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 AC100757.4-201ENST00000626934 759 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 OSBPL1A-204ENST00000399443 3317 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 FHL1-207ENST00000394155 2706 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
SCN9AQ15858 RAB40C-205ENST00000539661 2609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.51
SCN9AQ15858 AC025165.1-201ENST00000356672 2355 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
SCN9AQ15858 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
SCN9AQ15858 HDAC8-209ENST00000373589 1740 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
SCN9AQ15858 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
SCN9AQ15858 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
SCN9AQ15858 TANGO2-205ENST00000401886 1559 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
SCN9AQ15858 BABAM1-201ENST00000359435 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SCN9AQ15858 CCDC121-202ENST00000394775 1472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SCN9AQ15858 SEC13-208ENST00000397109 1467 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SCN9AQ15858 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
SCN9AQ15858 MBTD1-201ENST00000376381 1420 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SCN9AQ15858 LHFPL3-201ENST00000401970 1378 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SCN9AQ15858 AL008718.2-201ENST00000609206 1313 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
SCN9AQ15858 NDUFB8-201ENST00000299166 671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SCN9AQ15858 IGHV3-13-201ENST00000390602 430 ntAPPRIS P1 BASIC18.26■□□□□ 0.51
SCN9AQ15858 NIF3L1-205ENST00000409588 1269 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SCN9AQ15858 IGHV4-4-201ENST00000455737 417 ntAPPRIS P1 BASIC18.26■□□□□ 0.51
SCN9AQ15858 TAPBP-241ENST00000489157 1299 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SCN9AQ15858 TP53AIP1-204ENST00000530777 363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
SCN9AQ15858 AC105105.3-201ENST00000585470 646 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
SCN9AQ15858 Z98259.2-201ENST00000641583 609 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
SCN9AQ15858 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
SCN9AQ15858 DHX40-202ENST00000425628 2255 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
SCN9AQ15858 TAMM41-205ENST00000444133 1619 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
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