Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CUX1P39880 PCDHB6-202ENST00000622991 2608 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CUX1P39880 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CUX1P39880 PUF60-208ENST00000526683 2412 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CUX1P39880 RPL5P21-201ENST00000404620 815 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
CUX1P39880 CDC23-208ENST00000505120 455 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AL132639.2-202ENST00000553520 467 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AC100827.2-201ENST00000563214 1194 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
CUX1P39880 DUX4L46-201ENST00000566845 751 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
CUX1P39880 MIR4750-201ENST00000584564 56 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AC138894.2-201ENST00000602838 371 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AL353726.2-201ENST00000623259 884 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
CUX1P39880 ZMYM3-202ENST00000373978 1511 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CUX1P39880 PTGES3L-AARSD1-201ENST00000360221 1790 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CUX1P39880 NOP14-201ENST00000314262 2889 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CUX1P39880 PTPN20-206ENST00000395722 1995 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CUX1P39880 DRC3-216ENST00000584166 1953 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CUX1P39880 STAT5A-207ENST00000546010 3086 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CUX1P39880 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CUX1P39880 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CUX1P39880 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CUX1P39880 CDK3-202ENST00000448471 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CUX1P39880 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AC024909.3-201ENST00000611513 2257 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
CUX1P39880 NELFE-201ENST00000375425 1405 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CUX1P39880 KRT17-201ENST00000311208 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CUX1P39880 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CUX1P39880 NOC2LP1-201ENST00000450578 752 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
CUX1P39880 PAM16-211ENST00000575848 518 ntTSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CUX1P39880 PAM16-214ENST00000576217 493 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CUX1P39880 MAP3K14-AS1-210ENST00000592422 831 ntTSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CUX1P39880 TUBB4A-212ENST00000601152 590 ntTSL 4 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AQP10-203ENST00000484864 2262 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CUX1P39880 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CUX1P39880 LINC00680-205ENST00000450081 1593 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CUX1P39880 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CUX1P39880 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CUX1P39880 RASSF8-AS1-202ENST00000500276 2610 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CUX1P39880 CCNE1-202ENST00000357943 1641 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CUX1P39880 CRELD1-203ENST00000397170 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CUX1P39880 PCBP2-202ENST00000359462 1814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CUX1P39880 PLD3-201ENST00000356508 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CUX1P39880 BLK-205ENST00000529894 2017 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CUX1P39880 TMSB10-201ENST00000233143 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AK6-201ENST00000380818 1183 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CUX1P39880 IGHV3-49-201ENST00000390625 439 ntAPPRIS P1 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CUX1P39880 SLC5A10-204ENST00000395647 2140 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AC026316.1-201ENST00000398900 414 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CUX1P39880 RPL3-202ENST00000401609 1289 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CUX1P39880 PPP2R1A-209ENST00000477989 444 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CUX1P39880 IGLV3-15-201ENST00000518356 244 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CUX1P39880 CSTF3-206ENST00000524827 693 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CUX1P39880 MAX-211ENST00000555667 574 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CUX1P39880 ID2-203ENST00000396290 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CUX1P39880 HEYL-201ENST00000372852 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CUX1P39880 LETMD1-206ENST00000547008 1665 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CUX1P39880 PYGL-201ENST00000216392 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CUX1P39880 MBD4-203ENST00000429544 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AL138725.1-201ENST00000407347 1314 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CUX1P39880 CTSW-204ENST00000528419 1341 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AL008718.2-201ENST00000609206 1313 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CUX1P39880 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CUX1P39880 SHISA5-208ENST00000442747 2250 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CUX1P39880 RSRP1-202ENST00000431849 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CUX1P39880 RNF167-211ENST00000575111 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CUX1P39880 SMIM23-202ENST00000523047 573 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CUX1P39880 IRF3-215ENST00000596822 823 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AL136295.7-201ENST00000619226 1200 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
CUX1P39880 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CUX1P39880 MYCBPAP-203ENST00000436259 3102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CUX1P39880 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CUX1P39880 GJB6-202ENST00000356192 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CUX1P39880 TAMM41-205ENST00000444133 1619 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CUX1P39880 TMEM184C-204ENST00000508208 1528 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CUX1P39880 BRMS1-201ENST00000359957 1445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CUX1P39880 ESRRB-207ENST00000556177 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AL360270.3-201ENST00000609118 1348 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
CUX1P39880 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CUX1P39880 NAT9-201ENST00000357814 1875 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CUX1P39880 NEFL-203ENST00000619417 1879 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CUX1P39880 FSCN1-201ENST00000382361 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CUX1P39880 KDSR-201ENST00000326575 1024 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AL021707.5-201ENST00000420118 461 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AL606489.1-201ENST00000443515 486 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CUX1P39880 ELOF1-202ENST00000586120 658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CUX1P39880 CR589904.1-202ENST00000611154 660 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AMIGO2-202ENST00000429635 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CUX1P39880 AC010327.3-201ENST00000591665 1643 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CUX1P39880 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CUX1P39880 FOXRED1-201ENST00000263578 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CUX1P39880 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CUX1P39880 PDE4A-201ENST00000293683 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CUX1P39880 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CUX1P39880 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CUX1P39880 ACAP1-201ENST00000158762 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CUX1P39880 RASA4-202ENST00000449970 2787 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CUX1P39880 NBL1-211ENST00000618761 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CUX1P39880 ERGIC3-203ENST00000357394 1357 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CUX1P39880 FAM180B-201ENST00000538490 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CUX1P39880 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.4 ms