Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 CACNA1G-202ENST00000354983 8138 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 FDPS-202ENST00000368356 1431 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 DHCR7-202ENST00000407721 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 LRCH3-202ENST00000414675 2299 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 CDK16-202ENST00000357227 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF180-202ENST00000391956 3049 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 RCSD1-206ENST00000537350 3044 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFA11-202ENST00000418389 2406 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 SLC4A2-202ENST00000413384 4142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 TNKS1BP1-207ENST00000532437 5952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF79-201ENST00000342483 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 STUM-201ENST00000366788 7705 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ACSL3-201ENST00000357430 5679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 C11orf71-202ENST00000623205 1980 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 OSBP2-209ENST00000438716 2747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 COL18A1-203ENST00000359759 6586 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AKAP1-201ENST00000314126 2380 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 SLC29A1-206ENST00000371755 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ALDOA-225ENST00000569545 1359 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 SNX5-202ENST00000377768 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 CARD10-201ENST00000251973 3934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 TSC1-202ENST00000403810 1507 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 STOML1-203ENST00000359750 984 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 PDSS2-201ENST00000369031 1236 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ID3-201ENST00000374561 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ASMT-201ENST00000381229 1087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AP002748.3-201ENST00000527092 828 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFA4L2-206ENST00000556732 883 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 PRR29-209ENST00000582540 967 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AC026803.2-201ENST00000599784 819 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AC131235.3-202ENST00000608135 362 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ADCYAP1-203ENST00000579794 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 CDC25B-203ENST00000344256 3071 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 DMPK-202ENST00000343373 3227 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 CFLAR-204ENST00000341582 2056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD20A5P-207ENST00000581935 2089 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 NUP62-212ENST00000597723 1824 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 RBM33-205ENST00000392759 1580 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 GPM6A-210ENST00000506894 2614 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 INSIG1-201ENST00000340368 3010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 GRID2IP-202ENST00000452113 3428 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 GREB1-205ENST00000389825 1315 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 KCTD1-203ENST00000417602 1705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 LEF1-202ENST00000379951 3477 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 UGDH-201ENST00000316423 3216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 CICP11-201ENST00000434745 2827 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 CFLAR-205ENST00000342795 1613 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 IL11RA-215ENST00000602473 1388 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 LAP3-201ENST00000226299 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 CEP63-212ENST00000513612 2903 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 ZCCHC18-203ENST00000537356 2907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 FBXL19-204ENST00000471231 3641 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM184A-201ENST00000297477 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 MAGEA12-201ENST00000357916 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 NCK2-203ENST00000393349 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 RNF11-201ENST00000242719 3084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 GFRA2-208ENST00000524240 4921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 DUOXA1-210ENST00000559014 1965 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 PLIN1-201ENST00000300055 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 FKBP2-201ENST00000309366 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 FBXO44-205ENST00000376768 959 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AC074338.1-201ENST00000416825 156 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 SFRP4-201ENST00000436072 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AC026191.1-201ENST00000491930 829 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 CNOT8-210ENST00000519404 945 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 CNOT8-214ENST00000520671 923 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 CNOT8-218ENST00000521583 1151 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 NAALADL1-207ENST00000526799 959 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 DRAM1-202ENST00000544152 1048 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 FAM227B-204ENST00000558594 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 PDE4C-207ENST00000594617 4655 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AC005759.1-201ENST00000594805 855 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00623-201ENST00000613486 486 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 MIR6080-201ENST00000617359 66 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 TIA1-206ENST00000445587 1440 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 CXorf40A-209ENST00000441248 2411 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 PTPRH-201ENST00000263434 3343 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 KHDRBS1-202ENST00000327300 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 NRXN1-204ENST00000401669 5870 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 CAMKV-217ENST00000620470 1485 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 EPHX2-202ENST00000517536 1600 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 BSG-204ENST00000545507 1795 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 NFIA-205ENST00000371189 1989 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 CEACAM19-202ENST00000403660 1982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 RNF183-201ENST00000297894 1830 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 PER1-201ENST00000317276 4707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 NPBWR2-201ENST00000369768 1352 ntAPPRIS P1 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 DDX19B-203ENST00000393657 1717 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 ASB12-201ENST00000362002 1289 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 BX842568.4-201ENST00000421222 227 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01983-203ENST00000444346 519 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 IGFBP2-204ENST00000456764 846 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 MRFAP1-203ENST00000507420 563 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC85C-204ENST00000555822 930 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
LIMCH1Q9UPQ0 METTL23-203ENST00000586738 1059 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.5 ms