Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 MPC2-202ENST00000367846 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF586-201ENST00000391702 2265 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 KIFC3-205ENST00000540079 2781 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 TEN1-CDK3-202ENST00000569284 3287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 TBCD-202ENST00000539345 3975 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 FBN2-205ENST00000508989 4987 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 NFAM1-201ENST00000329021 5602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 IPPK-201ENST00000287996 4401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 PPP3CA-207ENST00000512215 4007 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ASIC4-202ENST00000358078 2741 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 CREB3L3-201ENST00000078445 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFS2-201ENST00000367993 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJC10-210ENST00000616986 5783 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 CAPN2-201ENST00000295006 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 GSN-203ENST00000373808 2664 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 SERPINA3-203ENST00000467132 2660 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD23-201ENST00000318357 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ABCB8-221ENST00000498578 2350 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 KCNG4-202ENST00000568181 2199 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 TP73-204ENST00000378280 2062 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 STAT5A-211ENST00000590949 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AC106881.1-201ENST00000605849 3329 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 CRHBP-201ENST00000274368 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 KIAA1841-201ENST00000295031 3116 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS54-204ENST00000567164 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 SLC18A2-201ENST00000298472 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 DDHD2-201ENST00000397166 4921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 DPEP1-201ENST00000261615 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 CLCN7-202ENST00000382745 4720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 MEG9-201ENST00000429368 2638 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 MROH4P-201ENST00000431302 1578 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 KIAA1211-203ENST00000504228 4628 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 WAPL-202ENST00000298767 6333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ANO1-201ENST00000316296 2118 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 PIP5K1A-202ENST00000368888 2134 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 C1QA-201ENST00000374642 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 EEF1B2-202ENST00000392221 880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 SNHG17-203ENST00000417578 880 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 LYPLAL1-AS1-201ENST00000441331 724 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AC106872.10-201ENST00000503778 747 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 RAB30-AS1-207ENST00000533708 825 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 COX14-202ENST00000548985 677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AL079307.3-201ENST00000556114 283 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 COX5A-203ENST00000564811 568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 CD300LG-205ENST00000586233 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00237-203ENST00000593272 630 ntTSL 4 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 GTF2IRD2-205ENST00000614386 578 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AQP12B-206ENST00000621682 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AL157832.3-201ENST00000635764 1005 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF563-201ENST00000293725 2754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 CLDN22-201ENST00000323319 2581 ntAPPRIS P1 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 EPB41L3-206ENST00000544123 3972 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 CRHR2-208ENST00000506074 3109 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AC013726.1-201ENST00000563747 2285 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AMT-224ENST00000635808 1610 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 CALD1-222ENST00000495522 2199 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ALDH3B2-201ENST00000349015 2649 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC90B-213ENST00000529611 1986 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 QRICH1-202ENST00000395443 3549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 FKRP-201ENST00000318584 3332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ITGA9-201ENST00000264741 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 SLC39A8-202ENST00000394833 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 NXN-210ENST00000575801 2681 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 MTCL1-203ENST00000400050 6042 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 RCL1-204ENST00000381750 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 SHANK2-204ENST00000409530 2123 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AC018716.2-201ENST00000528390 2597 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 FAM49B-201ENST00000401979 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2D3-207ENST00000394801 2368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 RCC2-202ENST00000375436 4087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 NLRX1-202ENST00000409109 4092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ZBED1P1-201ENST00000502364 1930 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHB8-201ENST00000239444 2740 ntAPPRIS P1 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 CTSA-202ENST00000354880 1820 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 MAEL-201ENST00000367870 1831 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF286A-218ENST00000583566 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 NPHP3-AS1-201ENST00000489343 2957 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 PTGES3L-AARSD1-204ENST00000421990 2150 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 TSSK3-201ENST00000373534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 KCNG3-202ENST00000394973 3656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 SSFA2-205ENST00000431877 5150 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ZBTB32-202ENST00000392197 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AL513327.2-201ENST00000432703 490 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AL133481.1-201ENST00000438554 511 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AC023141.5-201ENST00000458585 616 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 CD28-203ENST00000458610 705 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 SSNA1-204ENST00000464553 723 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 SSBP1-214ENST00000498107 636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 TATDN3-212ENST00000530441 492 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 STT3A-AS1-201ENST00000530526 429 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AC007216.4-201ENST00000574364 562 ntTSL 4 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AC138207.8-201ENST00000579692 739 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AP001059.3-201ENST00000619053 235 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 FAM45BP-202ENST00000592932 1624 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 SIGLEC8-203ENST00000430817 1528 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.3 ms