Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 AF131215.3-201ENST00000532453 639 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 AL450472.2-201ENST00000603663 1156 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 IRF1-211ENST00000613424 821 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 AL161645.1-201ENST00000622716 1255 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 CARHSP1-220ENST00000619881 2849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 TMEM209-202ENST00000462753 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 IL17RD-203ENST00000463523 2348 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 TBC1D10A-203ENST00000403362 1833 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 AKAP12-201ENST00000253332 6597 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 CTBP1-209ENST00000510568 4250 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 ANKRD42-208ENST00000531895 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 ZNF256-201ENST00000282308 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 OSBP2-209ENST00000438716 2747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 FXYD6-201ENST00000260282 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 MYH14-210ENST00000601313 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 ALDH1B1-201ENST00000377698 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 PRSS30P-201ENST00000390681 2881 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 MAP3K12-201ENST00000267079 4319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 SEPT6-204ENST00000360156 2609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 SCLY-202ENST00000409736 1774 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 KIF6-203ENST00000394362 2394 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 MSI1-201ENST00000257552 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 SGSH-203ENST00000570923 1546 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 TMEM115-201ENST00000266025 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 NFKB2-203ENST00000369966 3101 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 VARS2-201ENST00000321897 4073 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 PPP1R27-201ENST00000330261 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 AQP12A-201ENST00000337801 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 CD99L2-202ENST00000355149 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 CXCL1-201ENST00000395761 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 FAM8A3P-201ENST00000427218 844 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 AL160408.2-201ENST00000436039 693 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 TMEM176A-202ENST00000461345 635 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 RAB1B-202ENST00000527397 991 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 CNTFR-204ENST00000610543 1926 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 INPP5B-204ENST00000373026 3230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 LRCH3-202ENST00000414675 2299 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 ANKRD50-202ENST00000515641 4212 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 GPAT3-201ENST00000264409 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 IL21R-AS1-201ENST00000563191 2615 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 CERNA1-202ENST00000560518 1972 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 C6orf120-201ENST00000332290 2667 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 GPD1L-201ENST00000282541 4060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 TEAD3-202ENST00000402886 2729 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 KCNK4-TEX40-201ENST00000539086 2733 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 CLPTM1-202ENST00000541297 2732 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 AC026688.2-201ENST00000518984 1734 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 KCNC2-208ENST00000549446 5625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 CYP1B1-AS1-201ENST00000413828 1781 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 PXYLP1-201ENST00000286353 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 BAG1-210ENST00000634734 3786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 HEMK1-201ENST00000232854 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 FAM149B1-201ENST00000242505 5408 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 C1orf159-202ENST00000379320 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 RIMS1-216ENST00000521978 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC28BQ9BUN5 ELFN2-201ENST00000402918 8361 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 STX18-AS1-207ENST00000610009 2406 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 ARFGAP1-203ENST00000370283 3281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 NOX5-203ENST00000448182 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 SERINC2-206ENST00000536859 2072 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 BRAT1-201ENST00000340611 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 SPOCK3-202ENST00000357545 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 NARF-206ENST00000457415 1668 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 ALOX12B-201ENST00000319144 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 CXorf36-201ENST00000377934 2513 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 NFU1-201ENST00000303698 1034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 MYL6-202ENST00000348108 722 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 HRCT1-201ENST00000354323 950 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 MSANTD3-201ENST00000374885 786 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 CYTH4-203ENST00000405206 636 ntTSL 4 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 SLC22A18-206ENST00000449793 1225 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 AP000894.3-201ENST00000582554 351 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 TMEM220-AS1-206ENST00000583343 876 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 SPTSSB-204ENST00000617024 1292 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 MED16-214ENST00000617672 554 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 FOXS1-201ENST00000375978 1319 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 NR1H3-204ENST00000407404 1330 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 MBD1-217ENST00000588937 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 LIMK2-204ENST00000406516 2657 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 MYADM-205ENST00000391771 3111 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 PPP3CA-207ENST00000512215 4007 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 PLA2G4B-202ENST00000458483 2734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 HEY1-201ENST00000337919 2296 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 RPTOR-203ENST00000570891 2286 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 ARHGAP23-221ENST00000620417 3663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 PPP5D1-201ENST00000414155 1882 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC28BQ9BUN5 FGR-202ENST00000374004 2350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms