Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 LTK-204ENST00000561619 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 TTC8-216ENST00000614125 2377 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 ITGA8-201ENST00000378076 6755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 C16orf71-204ENST00000590191 2564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 RBFOX2-201ENST00000262829 1538 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 C2orf81-206ENST00000640868 2407 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 EPHX2-201ENST00000380476 2064 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 PHF12-205ENST00000577226 7679 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 SAMM50-201ENST00000350028 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 MPP1-204ENST00000393531 1389 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 NSUN5P1-204ENST00000428392 1562 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 PPRC1-201ENST00000278070 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 EIF2B4-212ENST00000622434 1771 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 APOPT1-201ENST00000409074 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 PRSS36-207ENST00000569305 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 SLFNL1-201ENST00000302946 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 UBFD1-201ENST00000395878 5110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AGFG1-201ENST00000310078 8668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 CALCA-201ENST00000331587 843 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 SDHAF4-201ENST00000370474 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 DBI-203ENST00000393103 599 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 CRYAA-203ENST00000398133 600 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 PQLC3-202ENST00000402361 696 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AC079807.2-203ENST00000417692 656 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 GATD1-205ENST00000524550 995 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 ANAPC15-208ENST00000538393 867 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 MRPL48-210ENST00000542303 661 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AC073573.1-201ENST00000550908 481 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 SLIRP-210ENST00000557431 725 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 PPY2P-201ENST00000582808 702 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 PPY2P-202ENST00000583761 657 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AC063977.3-201ENST00000597569 547 ntTSL 4 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AC022748.3-201ENST00000621828 275 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 FP236240.1-202ENST00000624019 601 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 MYCN-202ENST00000638417 1693 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 FUT8-213ENST00000557164 2269 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 PCDHA13-201ENST00000289272 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 LIN54-204ENST00000505397 2742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 DNASE1L2-204ENST00000567494 1301 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 SEPT5-204ENST00000406395 1974 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 XKR4-203ENST00000622811 3907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 CERCAM-201ENST00000372838 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 CCNYL1-201ENST00000295414 3767 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 TNXB-204ENST00000479795 2742 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 F3-202ENST00000370207 1879 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 RHNO1-202ENST00000461997 1655 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 CLPTM1L-209ENST00000507807 1740 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 NRSN1-203ENST00000378478 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 SLC35G1-202ENST00000427197 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 B9D1-201ENST00000261499 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 MRPS12-201ENST00000308018 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 CD1E-202ENST00000368155 696 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 CD1E-204ENST00000368157 399 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 DPM3-202ENST00000368399 517 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 FAM177A1-202ENST00000382406 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 SMIM29-202ENST00000394990 792 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 B9D1-203ENST00000395615 805 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ACTG1P2-201ENST00000415776 1125 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AL450469.1-201ENST00000418953 461 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ACTG1P11-201ENST00000425411 1125 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 CDRT15-202ENST00000431716 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 SPATA3-204ENST00000433428 856 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AL591684.1-201ENST00000434533 234 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 FAM8A4P-201ENST00000435433 1213 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AL596276.2-201ENST00000447525 331 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AL136982.2-201ENST00000451760 234 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 DERL3-208ENST00000476077 969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 LINC01475-201ENST00000548010 766 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ATP6AP2-215ENST00000636409 1962 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 KANSL1L-201ENST00000281772 4754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 DNM1-202ENST00000372923 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 AL109910.1-201ENST00000452071 1330 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 NUP62-211ENST00000597029 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 OSBPL1A-203ENST00000399441 1887 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 NEDD1-213ENST00000557644 2367 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 MAGI3-201ENST00000307546 6430 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 KIAA1586-201ENST00000370733 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 FAM49B-223ENST00000522746 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 HS6ST2-201ENST00000370833 1938 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 WDR45-202ENST00000356463 1688 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 MUTYH-211ENST00000456914 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 LDB3-208ENST00000623007 1664 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 MRPS7-201ENST00000245539 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 TRAPPC2L-201ENST00000301021 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 FAM153B-220ENST00000515817 1966 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL6A1P12109 PCTP-201ENST00000268896 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.7 ms