Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 BCL11A-203ENST00000358510 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 ADAD1-201ENST00000296513 1961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 ITLN1-201ENST00000326245 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 TUFT1-201ENST00000353024 2107 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 NCBP2-203ENST00000422610 676 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 PDCD6-202ENST00000505221 672 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 HEXIM2-206ENST00000591576 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 FMR1-203ENST00000370470 1774 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 MARVELD1-201ENST00000285605 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 UBAP1-201ENST00000297661 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 ZSCAN10-209ENST00000576985 2739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 SLC2A4-202ENST00000424875 1852 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R16B-201ENST00000299824 6251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC85A-201ENST00000407595 3982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 KRT8P12-202ENST00000472924 1397 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AL355493.2-201ENST00000568270 1395 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 TCP11L1-201ENST00000334274 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 STK35-201ENST00000381482 6685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 IMPDH1P4-201ENST00000445028 1534 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 CD40-207ENST00000620709 1522 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 PTCH1-201ENST00000331920 8057 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 SYNRG-223ENST00000616179 4050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 MUTYH-211ENST00000456914 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 TRMT10C-201ENST00000309922 1819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 PTPRU-201ENST00000345512 4470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A4-201ENST00000281456 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 KTN1-AS1-201ENST00000335142 1465 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 GRN-214ENST00000589265 1632 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 LRCH1-202ENST00000389797 3314 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 IFT52-201ENST00000373030 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 BAG1-210ENST00000634734 3786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 RALYL-207ENST00000521695 1924 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 APBB1-217ENST00000608645 1925 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 SYNGR2-207ENST00000590201 2239 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 MBD1-203ENST00000339998 2956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 CERK-201ENST00000216264 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 SPATA21-201ENST00000335496 2015 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC107-204ENST00000378409 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 CEP19-201ENST00000399942 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 CEACAM16-201ENST00000405314 1583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 COA5-202ENST00000409997 557 ntTSL 4 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 GRTP1-AS1-201ENST00000419199 867 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 DARS-AS1-203ENST00000438432 768 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AL034550.1-201ENST00000442179 986 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00899-202ENST00000444890 493 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 PSMB5-204ENST00000460922 729 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 PYCR1-207ENST00000577756 1144 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 RPS19-202ENST00000593863 526 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AC010326.2-201ENST00000602124 1020 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 PPP3CB-201ENST00000342558 2418 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 PLD3-204ENST00000409281 2115 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 EIF1B-AS1-201ENST00000625390 1958 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A33-201ENST00000302692 3854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 JAKMIP1-205ENST00000410077 1835 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 ANKFY1-202ENST00000570535 6458 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 ADAMTS13-201ENST00000355699 4442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AL035456.1-201ENST00000456064 1369 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 MEGF10-202ENST00000418761 2238 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 SEPT11-206ENST00000505788 2079 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 RTN1-209ENST00000611068 2647 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 SPHK2-202ENST00000340932 2492 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM147-AS1-203ENST00000589137 1627 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 NEBL-203ENST00000417816 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 COMP-203ENST00000542601 2707 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 PDE8B-202ENST00000333194 2572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 LSM6-201ENST00000296581 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A38-201ENST00000273158 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 NEK5-204ENST00000617045 2127 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 CPT2-201ENST00000371486 3094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 APP-208ENST00000439274 2517 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 NPAS2-201ENST00000335681 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 SPIB-201ENST00000270632 1443 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 ACTL7B-201ENST00000374667 2379 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 MON1B-203ENST00000545553 1814 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 CABP2-201ENST00000294288 925 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFA3-204ENST00000391764 267 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 RPL5P21-201ENST00000404620 815 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 TARDBPP1-201ENST00000442013 1203 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 PTK7-212ENST00000476760 902 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL34-202ENST00000594999 555 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AL732314.4-201ENST00000627627 515 ntTSL 4 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 KAT5-202ENST00000352980 2059 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 FASTKD5-201ENST00000380266 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 ALG9-201ENST00000398006 2345 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF276-201ENST00000289816 4589 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AC138517.2-201ENST00000637503 2594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPU-204ENST00000440865 3207 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 MROH6-201ENST00000398882 3469 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01101-201ENST00000622953 1884 ntBASIC18.52■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 VWA2-202ENST00000392982 2794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 426.8 ms