Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 TRIM46-202ENST00000368382 3127 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 AMACR-203ENST00000382072 2919 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 ZFYVE28-201ENST00000290974 4131 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 PIGS-203ENST00000395346 2815 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 OSR2-209ENST00000522510 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 TCOF1-201ENST00000323668 4832 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 DCUN1D3-201ENST00000324344 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 RNPS1-223ENST00000568631 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 AXL-202ENST00000359092 3206 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 DBR1-201ENST00000260803 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 SYBU-207ENST00000433638 3104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 RUNX1T1-251ENST00000615601 7372 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 HTR3E-202ENST00000415389 2139 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 LHX6-207ENST00000541397 2942 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 KLHL33-203ENST00000637228 5404 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 RNF150-201ENST00000306799 4535 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 AFF3-203ENST00000409579 4342 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 KIAA0930-203ENST00000391627 2623 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 SYNRG-225ENST00000619541 3787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 ZEB1-AS1-208ENST00000607166 2503 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 CEP164-201ENST00000278935 5630 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 PCDHB14-201ENST00000239449 4828 ntAPPRIS P1 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 PCCB-204ENST00000462637 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 CYGB-205ENST00000590175 830 ntTSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 AMT-204ENST00000427987 1646 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 PPRC1-203ENST00000413464 4580 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 ZNF84-215ENST00000543758 3501 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 ARMCX4-202ENST00000423738 7424 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 MAGEA8-204ENST00000535454 2112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 CLPTM1-202ENST00000541297 2732 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 NUP50-201ENST00000347635 5233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 RAPGEF4-201ENST00000397081 4299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 DUSP11-201ENST00000272444 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 AC009090.5-201ENST00000624886 2285 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 TTC7A-202ENST00000394850 4306 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 BEX4-202ENST00000372695 1328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 GAS2L1-209ENST00000618518 3382 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 OBSL1-202ENST00000373873 3297 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 HSDL1-201ENST00000219439 3519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 PLEKHA8P1-201ENST00000256692 1839 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 DNAJC14-203ENST00000357606 3416 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 SLC22A7-202ENST00000372585 2555 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 CHEK2-204ENST00000382580 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 AJ011931.1-201ENST00000618749 2492 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 BAK1-201ENST00000360661 2132 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 CREB3L2-204ENST00000456390 2360 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 KIF26B-202ENST00000407071 7287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 TBPL2-201ENST00000247219 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 HMOX2-205ENST00000458134 1797 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 PBX3-203ENST00000373487 2902 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 SUMO1-201ENST00000392244 831 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 SUMO1-209ENST00000409712 761 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 FGFR3P6-201ENST00000457012 610 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 CALR-201ENST00000316448 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 RTEL1-203ENST00000360203 4623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 SPAG9-222ENST00000618113 8246 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 RIC1-201ENST00000251879 4127 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 ADCY2-201ENST00000338316 6575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 ADAMTSL1-207ENST00000380566 2321 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 UEVLD-203ENST00000379387 1848 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 ZNF286A-218ENST00000583566 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 ABCA7-201ENST00000263094 6816 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 FOXRED1-201ENST00000263578 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 CRHBP-201ENST00000274368 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 UBE2D3-207ENST00000394801 2368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 RTKN-202ENST00000272430 2142 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 RSPH9-201ENST00000372163 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 UBE3B-202ENST00000342494 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 TRAF3-204ENST00000539721 1786 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 SLC1A7-206ENST00000620347 2873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 CGREF1-205ENST00000404694 1376 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 ARHGAP23P1-201ENST00000562773 1937 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 E2F6-212ENST00000546212 3191 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 CHRNB4-201ENST00000261751 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 TRPM2-AS-202ENST00000456880 2056 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 BRAT1-201ENST00000340611 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 ARHGEF26-203ENST00000465817 2353 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 FUNDC2-201ENST00000369498 6455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 KCND3-201ENST00000302127 2659 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 FGD5-206ENST00000543601 5768 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.2 ms