Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 NUCB1-202ENST00000407032 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 SCP2-213ENST00000528311 1896 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 CMTM3-202ENST00000424011 2330 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 MARCO-201ENST00000327097 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 POMP-201ENST00000380842 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 GABRB3-215ENST00000622697 5876 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 ASAH1-240ENST00000636997 1774 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 PIAS4-201ENST00000262971 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 ETV7-201ENST00000339796 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 PDIA3P1-201ENST00000471856 1510 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 NRP1-203ENST00000374821 1988 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 FRS2-206ENST00000549921 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 RHOC-206ENST00000369637 888 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 GSTO1-201ENST00000369710 900 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 RABL2A-203ENST00000393166 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AC004987.2-201ENST00000395959 1148 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 KDM4A-AS1-204ENST00000439057 686 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 PRSS42-202ENST00000447340 1280 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 HNRNPA1P13-201ENST00000510646 963 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 BX927359.1-201ENST00000556073 543 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 CMTM3-212ENST00000566121 572 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AC009134.1-201ENST00000571939 443 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 LINC01887-202ENST00000584734 860 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 CD300LG-205ENST00000586233 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 RPP40-207ENST00000618533 1056 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AGAP1-213ENST00000619456 1057 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 MICALL2-201ENST00000297508 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 CSK-210ENST00000567571 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 RAC2-201ENST00000249071 1482 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 SPATS2L-202ENST00000360760 2119 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 CLPTM1-203ENST00000546079 2342 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AC007950.2-201ENST00000615045 2347 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 PTPN21-201ENST00000328736 6089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 ARMC6-203ENST00000392336 1866 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 CCT6A-201ENST00000275603 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 GLIPR2-205ENST00000619700 1645 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 ALPPL2-201ENST00000295453 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 ZNF707-223ENST00000532205 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 MEX3C-204ENST00000616921 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 LINC00942-201ENST00000515614 2417 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 CTNNB1-210ENST00000453024 2841 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 GPR176-205ENST00000561100 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 TGIF1-201ENST00000330513 1980 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 MPP1-205ENST00000413259 2195 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 CACNA1G-205ENST00000360761 7497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 ARID4B-202ENST00000349213 5811 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 LINC00599-203ENST00000519461 2922 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 ACSS1-201ENST00000323482 3680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 SEC14L4-201ENST00000255858 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 KRT12-201ENST00000251643 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 RFC5-204ENST00000454402 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 EID3-201ENST00000527879 1467 ntAPPRIS P1 BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 EIF4E-201ENST00000280892 1097 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 THEMIS2-204ENST00000373927 1082 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 BRWD1P1-201ENST00000401091 371 ntBASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AL845321.1-202ENST00000432011 786 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 SNHG11-209ENST00000440918 556 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AC103563.7-201ENST00000448734 478 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 KLC4-205ENST00000458460 1251 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 PXN-AS1-204ENST00000542265 854 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AL583810.1-201ENST00000553344 1045 ntBASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 GSTZ1-219ENST00000557639 873 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 OIP5-AS1-209ENST00000561226 775 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 LINC01115-203ENST00000606068 577 ntBASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 NDUFS7-219ENST00000620479 754 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 SDC4-201ENST00000372733 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 TBRG4-203ENST00000395655 2225 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 SLC5A6-203ENST00000408041 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 ZNF84-202ENST00000392319 7020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 MAP3K3-202ENST00000361733 3529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 TRPC3-202ENST00000379645 3548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 BACE1-211ENST00000528053 4083 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 SLFNL1-201ENST00000302946 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 KIAA0895-207ENST00000436884 1952 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 CTCFL-215ENST00000608158 1984 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 JADE2-201ENST00000282605 2748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 MSMO1-202ENST00000393766 1789 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 NEUROD1-201ENST00000295108 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 ORMDL3-201ENST00000304046 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 TM9SF1-201ENST00000261789 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 SHROOM2-201ENST00000380913 7447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 NHEG1-202ENST00000432330 1357 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 FAM172A-204ENST00000505869 1387 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 GLMP-213ENST00000612353 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 GLMP-215ENST00000622703 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 ZFP28-201ENST00000301318 4096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 PBX3-207ENST00000447726 2789 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 FAM83G-201ENST00000345041 2929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 TMEM237-202ENST00000409444 5592 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 CHRDL1-204ENST00000444321 1658 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 DNM2-203ENST00000389253 3581 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 SOWAHB-201ENST00000334306 3220 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 KCNJ12-201ENST00000331718 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 ADAM6-201ENST00000606026 1843 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 FAF1-202ENST00000396153 6817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 DAP-201ENST00000230895 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 DGAT2-202ENST00000376262 2324 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.7 ms