Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
VPS4AQ9UN37 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.7 ms