Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
VPS28Q9UK41 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS28Q9UK41 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.1 ms