Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
DDX28Q9NUL7 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
DDX28Q9NUL7 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
DDX28Q9NUL7 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
DDX28Q9NUL7 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
DDX28Q9NUL7 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
DDX28Q9NUL7 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
DDX28Q9NUL7 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
DDX28Q9NUL7 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
DDX28Q9NUL7 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
DDX28Q9NUL7 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
DDX28Q9NUL7 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
DDX28Q9NUL7 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
DDX28Q9NUL7 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
DDX28Q9NUL7 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
DDX28Q9NUL7 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
DDX28Q9NUL7 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
DDX28Q9NUL7 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
DDX28Q9NUL7 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
DDX28Q9NUL7 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
DDX28Q9NUL7 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
DDX28Q9NUL7 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
DDX28Q9NUL7 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
DDX28Q9NUL7 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
DDX28Q9NUL7 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
DDX28Q9NUL7 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC21.07■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC21.04■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC21.03■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC21.03■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
DDX28Q9NUL7 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
DDX28Q9NUL7 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
DDX28Q9NUL7 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
DDX28Q9NUL7 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
DDX28Q9NUL7 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
DDX28Q9NUL7 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
DDX28Q9NUL7 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
DDX28Q9NUL7 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
DDX28Q9NUL7 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
DDX28Q9NUL7 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
DDX28Q9NUL7 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
DDX28Q9NUL7 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.2 ms