Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC20.97■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC20.96■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.95
EXOSC4Q9NPD3 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC20.95■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC20.93■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC20.93■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC20.92■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.92■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
EXOSC4Q9NPD3 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.4 ms