Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC140Q96MF4 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC140Q96MF4 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.5 ms