Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC18.39■□□□□ 0.54
RPUSD4Q96CM3 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC18.37■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC18.36■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC18.34■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC18.34■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC18.33■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
RPUSD4Q96CM3 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37 ms