Protein–RNA interactions for Protein: Q13596

SNX1, Sorting nexin-1, humanhuman

Predictions only

Length 522 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNX1Q13596 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SNX1Q13596 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
SNX1Q13596 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SNX1Q13596 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SNX1Q13596 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
SNX1Q13596 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SNX1Q13596 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SNX1Q13596 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SNX1Q13596 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SNX1Q13596 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SNX1Q13596 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SNX1Q13596 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SNX1Q13596 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SNX1Q13596 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SNX1Q13596 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SNX1Q13596 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SNX1Q13596 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SNX1Q13596 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SNX1Q13596 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SNX1Q13596 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SNX1Q13596 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SNX1Q13596 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SNX1Q13596 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms