Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC20.64■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC20.58■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC20.57■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC20.56■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SCN1BQ07699 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms