Protein–RNA interactions for Protein: P49917

LIG4, DNA ligase 4, humanhuman

Predictions only

Length 911 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG4P49917 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIG4P49917 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIG4P49917 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIG4P49917 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIG4P49917 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIG4P49917 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIG4P49917 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIG4P49917 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIG4P49917 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIG4P49917 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIG4P49917 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIG4P49917 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
LIG4P49917 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
LIG4P49917 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
LIG4P49917 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
LIG4P49917 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
LIG4P49917 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIG4P49917 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIG4P49917 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIG4P49917 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIG4P49917 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIG4P49917 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIG4P49917 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIG4P49917 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIG4P49917 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIG4P49917 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIG4P49917 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIG4P49917 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
LIG4P49917 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIG4P49917 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
LIG4P49917 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIG4P49917 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIG4P49917 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIG4P49917 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIG4P49917 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIG4P49917 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIG4P49917 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIG4P49917 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIG4P49917 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIG4P49917 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIG4P49917 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIG4P49917 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIG4P49917 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIG4P49917 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIG4P49917 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIG4P49917 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIG4P49917 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIG4P49917 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIG4P49917 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIG4P49917 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIG4P49917 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIG4P49917 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIG4P49917 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIG4P49917 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIG4P49917 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIG4P49917 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
LIG4P49917 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIG4P49917 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIG4P49917 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
LIG4P49917 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
LIG4P49917 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG4P49917 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG4P49917 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG4P49917 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG4P49917 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG4P49917 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG4P49917 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG4P49917 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG4P49917 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG4P49917 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG4P49917 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG4P49917 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG4P49917 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG4P49917 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG4P49917 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG4P49917 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG4P49917 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG4P49917 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG4P49917 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG4P49917 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG4P49917 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG4P49917 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG4P49917 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIG4P49917 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIG4P49917 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIG4P49917 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIG4P49917 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
LIG4P49917 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIG4P49917 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIG4P49917 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIG4P49917 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIG4P49917 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
LIG4P49917 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIG4P49917 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIG4P49917 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIG4P49917 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
LIG4P49917 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIG4P49917 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIG4P49917 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
LIG4P49917 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.7 ms