Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
LIMS1P48059 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LIMS1P48059 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC21.33■■□□□ 1
LIMS1P48059 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
LIMS1P48059 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMS1P48059 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMS1P48059 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMS1P48059 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMS1P48059 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMS1P48059 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMS1P48059 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.8 ms