Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VIMP08670 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VIMP08670 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VIMP08670 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VIMP08670 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VIMP08670 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VIMP08670 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VIMP08670 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VIMP08670 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VIMP08670 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
VIMP08670 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
VIMP08670 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
VIMP08670 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
VIMP08670 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VIMP08670 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VIMP08670 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VIMP08670 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VIMP08670 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VIMP08670 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VIMP08670 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VIMP08670 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VIMP08670 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
VIMP08670 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
VIMP08670 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VIMP08670 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VIMP08670 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VIMP08670 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VIMP08670 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VIMP08670 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VIMP08670 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VIMP08670 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VIMP08670 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
VIMP08670 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VIMP08670 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VIMP08670 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
VIMP08670 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VIMP08670 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VIMP08670 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VIMP08670 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VIMP08670 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VIMP08670 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VIMP08670 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VIMP08670 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VIMP08670 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VIMP08670 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VIMP08670 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VIMP08670 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VIMP08670 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VIMP08670 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VIMP08670 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VIMP08670 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
VIMP08670 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VIMP08670 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
VIMP08670 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VIMP08670 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
VIMP08670 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
VIMP08670 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VIMP08670 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VIMP08670 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VIMP08670 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
VIMP08670 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VIMP08670 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VIMP08670 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VIMP08670 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VIMP08670 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VIMP08670 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VIMP08670 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
VIMP08670 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VIMP08670 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
VIMP08670 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VIMP08670 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VIMP08670 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VIMP08670 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VIMP08670 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
VIMP08670 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VIMP08670 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
VIMP08670 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VIMP08670 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VIMP08670 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VIMP08670 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VIMP08670 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
VIMP08670 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VIMP08670 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VIMP08670 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VIMP08670 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
VIMP08670 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VIMP08670 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VIMP08670 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VIMP08670 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VIMP08670 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
VIMP08670 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VIMP08670 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VIMP08670 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VIMP08670 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
VIMP08670 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
VIMP08670 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VIMP08670 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VIMP08670 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VIMP08670 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
VIMP08670 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16 ms