Protein–RNA interactions for Protein: O75056

SDC3, Syndecan-3, humanhuman

Predictions only

Length 442 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC3O75056 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SDC3O75056 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SDC3O75056 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
SDC3O75056 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SDC3O75056 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SDC3O75056 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SDC3O75056 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SDC3O75056 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SDC3O75056 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SDC3O75056 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
SDC3O75056 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
SDC3O75056 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SDC3O75056 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SDC3O75056 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SDC3O75056 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
SDC3O75056 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
SDC3O75056 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SDC3O75056 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SDC3O75056 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SDC3O75056 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SDC3O75056 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SDC3O75056 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SDC3O75056 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SDC3O75056 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
SDC3O75056 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SDC3O75056 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SDC3O75056 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SDC3O75056 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SDC3O75056 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SDC3O75056 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SDC3O75056 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SDC3O75056 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SDC3O75056 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SDC3O75056 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SDC3O75056 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SDC3O75056 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SDC3O75056 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SDC3O75056 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SDC3O75056 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SDC3O75056 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SDC3O75056 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SDC3O75056 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SDC3O75056 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SDC3O75056 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
SDC3O75056 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
SDC3O75056 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
SDC3O75056 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SDC3O75056 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SDC3O75056 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SDC3O75056 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SDC3O75056 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SDC3O75056 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SDC3O75056 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SDC3O75056 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SDC3O75056 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SDC3O75056 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SDC3O75056 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SDC3O75056 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SDC3O75056 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SDC3O75056 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SDC3O75056 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SDC3O75056 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
SDC3O75056 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SDC3O75056 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SDC3O75056 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SDC3O75056 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SDC3O75056 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SDC3O75056 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SDC3O75056 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SDC3O75056 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
SDC3O75056 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SDC3O75056 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SDC3O75056 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SDC3O75056 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SDC3O75056 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SDC3O75056 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SDC3O75056 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SDC3O75056 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SDC3O75056 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SDC3O75056 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SDC3O75056 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SDC3O75056 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SDC3O75056 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SDC3O75056 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SDC3O75056 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SDC3O75056 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SDC3O75056 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SDC3O75056 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SDC3O75056 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SDC3O75056 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SDC3O75056 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SDC3O75056 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SDC3O75056 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SDC3O75056 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SDC3O75056 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
SDC3O75056 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SDC3O75056 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SDC3O75056 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SDC3O75056 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SDC3O75056 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31 ms