Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 TBC1D22A-205ENST00000406733 2267 ntTSL 2 BASIC13.22□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 ZFPM2-206ENST00000520492 3960 ntTSL 2 BASIC13.22□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 POC1B-202ENST00000393179 3096 ntTSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 LRIT1-201ENST00000372105 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 AJ239322.1-201ENST00000419362 2209 ntTSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 KLHL26-201ENST00000300976 4407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 PHYHD1-202ENST00000353176 1374 ntTSL 5 BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 AQP1-204ENST00000441328 2487 ntTSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 FBXO3-203ENST00000526785 5798 ntTSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 RNF182-206ENST00000537388 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 SPCS2-201ENST00000263672 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 KLHDC8A-201ENST00000367155 2928 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 SUGP2-215ENST00000601879 5546 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 CRK-202ENST00000398970 3675 ntTSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 TMEM51-202ENST00000376014 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 MAPK3-212ENST00000484663 2567 ntTSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 PCDHGB2-202ENST00000622527 2588 ntAPPRIS P1 BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 PTBP1-202ENST00000350092 3069 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 PPIB-201ENST00000300026 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 YIF1B-201ENST00000329420 964 ntTSL 3 BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 VAMP4-202ENST00000367740 1193 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 CBX7-202ENST00000401405 784 ntTSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 NPY-203ENST00000407573 705 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 AL136311.1-206ENST00000416069 899 ntTSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 HRAS-204ENST00000417302 1233 ntTSL 5 BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 CDK2AP2P3-201ENST00000422476 372 ntBASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 CNN2P2-201ENST00000443536 909 ntBASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 PTGES3-204ENST00000448157 1017 ntTSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 CNN2P3-201ENST00000450201 906 ntBASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 UGT1A2P-201ENST00000454886 866 ntBASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 AC002310.2-201ENST00000486926 950 ntTSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 LEPROTL1-204ENST00000518192 847 ntTSL 3 BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 AL138781.1-202ENST00000563018 775 ntTSL 3 BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 AC022145.2-201ENST00000598203 171 ntBASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 AL136317.3-201ENST00000618497 906 ntBASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 HFE2-206ENST00000634927 506 ntTSL 4 BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 SLC9A3P2-201ENST00000447821 2021 ntBASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 CD55-204ENST00000367064 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 PATZ1-202ENST00000266269 3781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 BID-201ENST00000317361 2495 ntTSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 PSMD13-212ENST00000532097 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.29
PDLIM3Q53GG5 ZDHHC4-203ENST00000396707 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 AC016027.1-202ENST00000607927 1699 ntBASIC13.21□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 SLC2A13-202ENST00000380858 3082 ntTSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 ZNF446-201ENST00000335841 1889 ntTSL 5 BASIC13.21□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CMKLR1-206ENST00000552995 1890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 TMEM40-202ENST00000314124 2308 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.21□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 RTEL1-203ENST00000360203 4623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 C14orf79-205ENST00000549240 2503 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 MARK3-204ENST00000416682 2969 ntTSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 HSPA12B-201ENST00000254963 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 SH3KBP1-205ENST00000397821 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 MBD1-210ENST00000457839 2473 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 LINC02415-201ENST00000508505 1315 ntTSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 TRIM25-201ENST00000316881 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 PRAL-201ENST00000624952 3286 ntBASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 SIRT6-201ENST00000305232 1506 ntTSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 KIFC3-206ENST00000541240 3047 ntTSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 ARCN1-203ENST00000392859 1709 ntTSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 GALNT9-202ENST00000397325 1727 ntTSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 ITGB2-207ENST00000397854 2592 ntTSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CRAT-201ENST00000318080 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 ZFAND5-205ENST00000376962 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 PTPRO-201ENST00000281171 5301 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 ZNF524-201ENST00000301073 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 SERTAD1-201ENST00000357949 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 NDUFB8-202ENST00000370320 684 ntTSL 3 BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 VMA21-202ENST00000370361 693 ntTSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 ZFAND4-203ENST00000374366 3821 ntTSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 TIMM17B-202ENST00000396779 1099 ntTSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 PRAP1-201ENST00000433452 971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 KRT17P7-201ENST00000451704 1104 ntBASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 AC024230.1-201ENST00000511431 889 ntTSL 3 BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 IGHV3-71-201ENST00000523324 359 ntBASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 AC091053.1-201ENST00000529883 744 ntTSL 3 BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 CHMP4A-204ENST00000530996 967 ntTSL 3 BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 NOP2-211ENST00000540228 668 ntTSL 2 BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 AL596325.1-201ENST00000563991 1082 ntBASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 ZNF667-AS1-204ENST00000588158 921 ntTSL 3 BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 SALL3-206ENST00000616649 2958 ntTSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 SNX12-206ENST00000622259 661 ntTSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 AC025048.6-201ENST00000634326 1161 ntBASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 AC087645.4-201ENST00000638890 792 ntTSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 TPD52L2-205ENST00000352482 2339 ntTSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 TPD52L2-210ENST00000615907 2310 ntTSL 4 BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 ATP4B-201ENST00000335288 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 TNFRSF10A-201ENST00000221132 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 PITPNM1-216ENST00000534749 4189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 NECAP2-201ENST00000337132 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 ARL15-201ENST00000502271 3248 ntTSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 TRIM13-202ENST00000378182 7249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 SPPL2A-201ENST00000261854 7372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 PCDH10-203ENST00000618019 4574 ntAPPRIS ALT2 BASIC13.2□□□□□ -0.3
PDLIM3Q53GG5 MMP25-201ENST00000336577 3554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.3
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