Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 KIF16B-203ENST00000408042 4640 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 ZNF7-218ENST00000544249 2125 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 SLC9A7P1-202ENST00000556476 2239 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 TMEM40-202ENST00000314124 2308 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 NR4A1-204ENST00000394825 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 PHF10-205ENST00000612128 4395 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 PACSIN2-201ENST00000263246 3249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 FTH1-201ENST00000273550 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 AC093423.3-201ENST00000370453 654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 AC015922.1-201ENST00000421102 1152 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 AC114956.2-201ENST00000512498 572 ntTSL 4 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 FTH1-202ENST00000526640 786 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 FAU-205ENST00000527548 538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 AP000943.3-201ENST00000536540 954 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 AQP6-203ENST00000551733 849 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 AC027243.1-201ENST00000559539 758 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 AC092337.1-201ENST00000568699 1129 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 NAA60-208ENST00000570819 833 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 UBAP1L-201ENST00000502113 1381 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 G6PD-203ENST00000393564 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 SH2D6-202ENST00000389938 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 AL390038.1-201ENST00000419814 2481 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 AL359258.1-201ENST00000438965 2481 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 BCL11A-203ENST00000358510 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 CAPN5-202ENST00000456580 2805 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 OSBP2-209ENST00000438716 2747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 ANKRD26P3-201ENST00000454044 2748 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 FAM49B-201ENST00000401979 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 ZBTB14-202ENST00000400143 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 ZNF821-203ENST00000446827 1822 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 TUBA3E-201ENST00000312988 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 AL121723.1-201ENST00000445194 1519 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 RAD51C-215ENST00000583539 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 LEF1-202ENST00000379951 3477 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 MFSD13A-201ENST00000238936 2852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 DMTN-202ENST00000358242 2772 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 CCDC90B-213ENST00000529611 1986 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 KCNK4-TEX40-201ENST00000539086 2733 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 CBS-204ENST00000398165 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 NLGN2-201ENST00000302926 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 FGFR3-208ENST00000481110 4217 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 AC007743.1-201ENST00000596663 3075 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 SLC25A34-201ENST00000294454 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 SIVA1-202ENST00000347067 550 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 STPG3-201ENST00000388931 1207 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 TOMM22P5-201ENST00000416399 439 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 LINC00229-201ENST00000443783 500 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 AC092910.3-201ENST00000484076 969 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 IGHV3OR16-13-201ENST00000562905 353 ntAPPRIS P1 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 AC108134.3-202ENST00000571404 1207 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 PRR29-204ENST00000577953 565 ntTSL 4 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 LINC01703-202ENST00000602806 595 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 SRD5A3P1-201ENST00000603021 949 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 5S_rRNA.22-201ENST00000614916 106 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 AL158212.4-201ENST00000624062 1286 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 GGACT-202ENST00000455100 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 HAUS2-208ENST00000568876 1702 ntTSL 4 BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 MPC2-202ENST00000367846 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 TNFRSF10A-201ENST00000221132 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 TMPRSS13-203ENST00000524993 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 ZKSCAN7-202ENST00000341840 1757 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 BAG1-210ENST00000634734 3786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 TOB1-202ENST00000499247 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 MAGEA2-202ENST00000598543 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 MEOX1-202ENST00000329168 2129 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 EXO5-203ENST00000372703 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 DHX36-201ENST00000308361 3487 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 GDF6-201ENST00000287020 3701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 PUS7-202ENST00000469408 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 ROPN1-203ENST00000459660 1909 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 ARHGAP27P1-BPTFP1-KPNA2P3-201ENST00000578492 2732 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 MAMSTR-201ENST00000318083 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 SELENOV-201ENST00000335426 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 SELENOV-205ENST00000622070 1704 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 NXT2-202ENST00000372103 1085 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 LRP5L-201ENST00000402785 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 EVA1A-203ENST00000410010 696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 PRSS48-202ENST00000455694 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 AC135586.1-201ENST00000539323 574 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 AC023310.3-201ENST00000557027 670 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 AC100756.1-201ENST00000562736 682 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 AC138749.3-201ENST00000567691 622 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 C1QTNF1-212ENST00000583904 1129 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 UBL5-208ENST00000593087 320 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 AC116165.1-201ENST00000611806 668 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 IFI27-206ENST00000612813 725 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 IFI27-213ENST00000620066 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 POLL-217ENST00000628479 1953 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 EOMES-201ENST00000295743 3386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 DDTL-201ENST00000215770 1545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 CDPF1-204ENST00000404744 1541 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 MKNK2-201ENST00000250896 3774 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 SPIB-201ENST00000270632 1443 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
COL9A3Q14050 LIPE-AS1-205ENST00000594688 2383 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.8 ms