Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 GAD1-203ENST00000375272 1252 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 STX1A-202ENST00000395154 1022 ntTSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AL355334.1-201ENST00000417713 215 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AC016825.1-201ENST00000433600 778 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 SLIRP-210ENST00000557431 725 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 PRKXP1-201ENST00000561423 1122 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AC015910.1-201ENST00000579400 975 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 DIO1-215ENST00000610607 796 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 ASTN2-202ENST00000313400 4747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 FAM129B-201ENST00000373312 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 TAPBPL-201ENST00000266556 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 DUSP4-201ENST00000240100 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 NOS2P2-202ENST00000639528 1659 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 ELP6-201ENST00000296149 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 CCDC142-201ENST00000290418 2835 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 TOM1L1-201ENST00000348161 1895 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 NFASC-205ENST00000403080 2462 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 NFIC-202ENST00000395111 1755 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AC006480.2-201ENST00000609770 1337 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 EZR-202ENST00000367075 3096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 PRR19-201ENST00000341747 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 LHB-201ENST00000221421 514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 NOL4L-202ENST00000326071 701 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 NUDT1-203ENST00000356714 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 SF3B5-201ENST00000367569 693 ntAPPRIS P1 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 NUDT1-204ENST00000397046 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 LIMS4-201ENST00000413601 1215 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AC069218.1-201ENST00000435269 762 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 USE1-202ENST00000445667 795 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 PHKG1P2-201ENST00000457537 863 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AC078785.1-201ENST00000496389 734 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AL136309.4-201ENST00000527831 640 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AC016044.1-201ENST00000560818 572 ntTSL 4 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AL163636.2-201ENST00000553909 1498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 ASB7-202ENST00000343276 1694 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 TCP1-203ENST00000420894 1671 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 MAGEA2-202ENST00000598543 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 SEPT9-202ENST00000423034 3984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 SULT2B1-202ENST00000323090 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPUL2-BSCL2-201ENST00000403734 4001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 JMJD4-201ENST00000366758 2595 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 NF2-208ENST00000403435 2568 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 HAS3-205ENST00000569188 2170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 ALDH3A1-205ENST00000444455 1771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 SMARCE1-205ENST00000431889 1569 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 PRDM5-203ENST00000428209 2338 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 RALGAPA1-219ENST00000637992 8512 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 QRFPR-202ENST00000394427 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 LITAF-202ENST00000381810 1527 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 CHRDL1-205ENST00000482160 1537 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 ITGB7-202ENST00000422257 2791 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 CLCF1-201ENST00000312438 1844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AP4M1-201ENST00000359593 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AP4M1-206ENST00000429084 1836 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 RPP40-201ENST00000319533 1088 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 SDCCAG3P2-201ENST00000326105 1023 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 CIDEC-201ENST00000336832 1277 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 CIDEC-203ENST00000423850 1036 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 CNN2P10-201ENST00000443067 918 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AC114501.1-201ENST00000445949 172 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 CIDEC-206ENST00000455015 1123 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 SUPT4H1P2-201ENST00000501248 353 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AC007342.4-201ENST00000566383 584 ntTSL 4 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AC092634.5-202ENST00000587736 928 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 L34079.1-201ENST00000594374 393 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 STPG3-204ENST00000611378 1015 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 NEU3-206ENST00000532963 1643 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 DNAJB8-AS1-201ENST00000471626 1798 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 KRT86-201ENST00000293525 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 MAGEA4-205ENST00000393920 1721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AL023775.1-201ENST00000454907 1746 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 TNXB-204ENST00000479795 2742 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 RASGRF1-202ENST00000419573 6294 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP44-202ENST00000340825 4211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP44-203ENST00000379672 4228 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 PDX1-201ENST00000381033 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 TTC13-202ENST00000366662 3112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 LRRC58-201ENST00000295628 7903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 SBSN-201ENST00000452271 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 SPDYE4-201ENST00000328794 923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 PNRC1-203ENST00000369472 816 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 EVA1A-204ENST00000410071 777 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC9Q9Y3X0 AL355483.2-201ENST00000421637 675 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.8 ms