Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 CCDC85A-201ENST00000407595 3982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
LIG1P18858 HID1-202ENST00000425042 3271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
LIG1P18858 BUD13-201ENST00000260210 2196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
LIG1P18858 LMNA-201ENST00000347559 3137 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
LIG1P18858 CYP4F2-202ENST00000221700 2407 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
LIG1P18858 ZNF777-201ENST00000247930 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
LIG1P18858 CYP51A1-201ENST00000003100 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
LIG1P18858 ALDH3A1-202ENST00000395555 1495 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 BET1L-201ENST00000325147 2916 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 MAGEA8-204ENST00000535454 2112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 RECQL5-202ENST00000340830 1749 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 LINC02138-201ENST00000378340 1326 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 TMEM225B-202ENST00000431679 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 CAPN2-201ENST00000295006 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 CCDC183-AS1-201ENST00000414656 2386 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 CREB3L2-204ENST00000456390 2360 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 TMA16-201ENST00000358572 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 PPHLN1-201ENST00000256678 1820 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 TOM1-209ENST00000447733 2317 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 PACSIN2-201ENST00000263246 3249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 IQCF3-205ENST00000456080 1685 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 GLIDR-202ENST00000625350 2588 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 TMEM179B-201ENST00000333449 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 YWHAZ-203ENST00000395951 964 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 METTL21AP1-201ENST00000438852 635 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 MEIS1-AS2-201ENST00000439433 690 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 IGHV3-62-201ENST00000520057 340 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 FAM177A1-207ENST00000554052 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 PYCR1-207ENST00000577756 1144 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 C19orf33-202ENST00000588605 520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 AC104971.3-201ENST00000589794 335 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 AC027612.4-201ENST00000605371 583 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 AL928970.1-201ENST00000422679 2923 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 UXT-AS1-201ENST00000590504 1525 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 UBR5-207ENST00000520539 10297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 ZSWIM8-201ENST00000398706 6062 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 TAF6-209ENST00000452041 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 ATP2A3-205ENST00000397041 4675 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 LIPE-AS1-205ENST00000594688 2383 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 YAP1-211ENST00000629586 1365 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 CEP19-202ENST00000409690 2201 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 TDRD6-203ENST00000544460 8887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 BABAM1-201ENST00000359435 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 ACSL6-201ENST00000296869 2561 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 TRAF6-201ENST00000348124 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 ATG9B-212ENST00000639579 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 PMP22-209ENST00000612492 1822 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIG1P18858 KRT18P28-201ENST00000453838 1332 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 ETV2-205ENST00000479824 1342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 TRIP6-209ENST00000619988 1303 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 TVP23C-203ENST00000428082 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 GOLGA2P9-201ENST00000596977 1937 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 RNF135-202ENST00000328381 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 NPHP3-AS1-201ENST00000489343 2957 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 PLTP-204ENST00000420868 1420 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 TEAD2-203ENST00000539846 1444 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 CROCC-201ENST00000375541 6656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 CNOT9-208ENST00000542068 3259 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 ILF3-AS1-201ENST00000591501 1983 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 ALMS1P1-202ENST00000450720 1601 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 CRIP1-203ENST00000409393 677 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 RN7SL589P-201ENST00000481268 310 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 SPINK2-203ENST00000506738 763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 MTUS1-215ENST00000519066 567 ntTSL 4 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 AC129926.1-201ENST00000581944 614 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 AC005330.1-201ENST00000590086 1238 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 AC004832.1-201ENST00000610936 1005 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 AC092811.2-201ENST00000632561 559 ntTSL 4 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 AC247036.6-201ENST00000632950 410 ntAPPRIS P1 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 AEN-201ENST00000332810 3117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 NUCKS1-201ENST00000367142 6496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 DHODH-201ENST00000219240 2426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 POR-201ENST00000394893 2532 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 FAHD2B-202ENST00000414820 1388 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 DNAJC10-210ENST00000616986 5783 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 ENDOV-204ENST00000518137 2815 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 CCNY-202ENST00000339497 4630 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 MAPK7-202ENST00000308406 3149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 ZNF713-202ENST00000429591 4339 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
LIG1P18858 AKAP8P1-201ENST00000434743 1349 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
LIG1P18858 LIMS2-205ENST00000409455 2500 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIG1P18858 TRPC6-203ENST00000360497 2631 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIG1P18858 KLF5-201ENST00000377687 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIG1P18858 CC2D1B-202ENST00000371586 5642 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIG1P18858 UGDH-201ENST00000316423 3216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIG1P18858 STOML1-204ENST00000541638 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIG1P18858 CACNA1G-205ENST00000360761 7497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIG1P18858 WASHC2C-202ENST00000359860 4471 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIG1P18858 SPCS2P4-201ENST00000436160 681 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
LIG1P18858 RANGRF-203ENST00000439238 1140 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
LIG1P18858 LEKR1-211ENST00000498839 616 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms