Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 ELMO3-202ENST00000393997 2531 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 SHTN1-201ENST00000260777 5308 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 ITGB2-207ENST00000397854 2592 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 BICDL1-201ENST00000397558 3055 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 MTX3-201ENST00000509852 1655 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 RHOXF1P3-203ENST00000640298 2668 ntTSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 TGOLN2-205ENST00000409232 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 CUX1-211ENST00000546411 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 KRT15-201ENST00000254043 5237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 PAGE5-201ENST00000289619 741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 PFN4-201ENST00000313213 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 CD81-202ENST00000381036 880 ntTSL 3 BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 SNRPB-201ENST00000381342 1154 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 SNRPB-202ENST00000438552 1008 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 AC009567.1-201ENST00000515071 525 ntTSL 4 BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 AC007406.4-201ENST00000539568 765 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 AC008761.1-201ENST00000595363 217 ntTSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 AL513210.1-201ENST00000629608 234 ntBASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 BRF1-203ENST00000379937 3314 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM7-203ENST00000393315 2851 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 SLC29A2-207ENST00000619145 2380 ntTSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 B3GNT3-202ENST00000595387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPK-204ENST00000376263 2942 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 P3H1-201ENST00000236040 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 EPS8L2-218ENST00000530636 2469 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 GLMP-213ENST00000612353 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 GLMP-215ENST00000622703 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 LSMEM2-201ENST00000316436 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 HACD3-206ENST00000565299 1465 ntTSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 GFAP-225ENST00000638281 2099 ntTSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 MST1L-201ENST00000442552 2185 ntBASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 AL158154.2-201ENST00000585776 2208 ntTSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 KRT71-201ENST00000267119 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 ITGAV-202ENST00000374907 6903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 DTNB-228ENST00000496972 2328 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 DYM-201ENST00000269445 5049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 CYB5R1-201ENST00000367249 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 PODN-201ENST00000312553 3010 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 ERRFI1-201ENST00000377482 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 MTA1-203ENST00000406191 2770 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 HNF1A-211ENST00000543427 2819 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 EIF4G3-212ENST00000602326 6196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 RIF1-204ENST00000430328 7992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC28-202ENST00000331450 752 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 RNF186-201ENST00000375121 1250 ntAPPRIS P1 BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 AL353705.2-201ENST00000428243 662 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 TWIST2-201ENST00000448943 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 BRK1-201ENST00000530758 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 AC093520.2-201ENST00000561830 333 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 AC022167.4-201ENST00000570290 498 ntTSL 3 BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 AC105021.1-202ENST00000570572 669 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 SPIB-207ENST00000597855 564 ntTSL 4 BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 AC018529.1-201ENST00000613063 361 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 LINC02228-204ENST00000642115 2962 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 USP13-201ENST00000263966 8323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 DHRS4L2-205ENST00000543805 1334 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 HID1-202ENST00000425042 3271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 AC099063.4-201ENST00000641099 1602 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 SEMA3B-212ENST00000616701 2958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 USP43-201ENST00000285199 4169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 TSG101-204ENST00000536719 2101 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 CPEB1-211ENST00000615198 2112 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF385A-201ENST00000338010 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 ODF2-202ENST00000372791 2375 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 TBC1D25-201ENST00000376771 4042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 SIGLEC11-202ENST00000426971 2479 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 POR-201ENST00000394893 2532 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 PITPNM1-202ENST00000436757 4216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 DDX1-201ENST00000233084 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 RBFOX3-211ENST00000583458 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 SLC4A2-214ENST00000485713 4925 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 SMC4-204ENST00000462787 5033 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 H6PD-201ENST00000377403 9146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 UNC13A-204ENST00000550896 5200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 REPIN1-209ENST00000479668 3182 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 GRIK5-204ENST00000593562 3308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 AC012313.3-202ENST00000599109 3322 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 RBM39-205ENST00000397370 612 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 HRAS-202ENST00000397594 1099 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 ITPA-203ENST00000455664 729 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 YBX1P5-201ENST00000509441 847 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 HEPN1-201ENST00000408930 1434 ntAPPRIS P1 BASIC18.62■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 SRGAP2C-201ENST00000304465 1477 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
LIMCH1Q9UPQ0 SRGAP2-201ENST00000419187 1477 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms