Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 JAKMIP1-205ENST00000410077 1835 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 ZNF286A-218ENST00000583566 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 ADCY7-203ENST00000537579 2090 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 PDE8B-202ENST00000333194 2572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 ENDOV-204ENST00000518137 2815 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 PTK7-210ENST00000471863 2412 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 APBB1-218ENST00000608655 1920 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 INPP5D-201ENST00000359570 5274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 DUSP11-201ENST00000272444 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 AL691432.1-201ENST00000596308 1422 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 BCL2L11-219ENST00000619294 5132 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 PERM1-201ENST00000341290 3035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 FXYD6-207ENST00000527717 1799 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 UBE2D3-207ENST00000394801 2368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 LIM2-201ENST00000221973 983 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 SLC4A1APP2-201ENST00000424054 1259 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 MLF1-206ENST00000471745 1266 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 NAA60-217ENST00000572942 1089 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 MIR4751-201ENST00000578027 74 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 NACAD-202ENST00000490531 4780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 HOXA-AS2-202ENST00000517635 2455 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 SYNGR2-207ENST00000590201 2239 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 SEPT7-201ENST00000350320 4350 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 MMRN2-201ENST00000372027 4375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 CLCN1-201ENST00000343257 3172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 TMEM140-201ENST00000275767 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 MARS-201ENST00000262027 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 RAB37-206ENST00000392615 2655 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 PGAP3-211ENST00000619169 2094 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 RABIF-201ENST00000367262 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 AC004834.1-201ENST00000640784 2412 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 CHAF1A-201ENST00000301280 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 CHRNG-202ENST00000389494 2262 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 STRA6-207ENST00000535552 2631 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 APBB1-217ENST00000608645 1925 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 GPS1-227ENST00000623761 1943 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 KANK2-201ENST00000586659 5162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 MAST1-201ENST00000251472 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 PIK3IP1-201ENST00000215912 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 SEMA3G-201ENST00000231721 4899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 DYNLL2-201ENST00000579991 6805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 ERICH5-201ENST00000318528 1761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 AL158154.2-201ENST00000585776 2208 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 MAPK13-203ENST00000373766 6196 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 EVPL-201ENST00000301607 6614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 KIAA0895-207ENST00000436884 1952 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 SLC22A12-203ENST00000377572 2887 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 PHF8-203ENST00000338946 4651 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 ALDH4A1-206ENST00000538839 2957 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 KIF1BP-214ENST00000638119 2537 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 TOPAZ1-201ENST00000309765 5334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 HSD17B4-206ENST00000504811 2740 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 METTL26-201ENST00000301686 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 METTL26-205ENST00000397666 726 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 PRYP6-201ENST00000514804 343 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 C8orf46-213ENST00000521495 557 ntTSL 4 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 IL18BP-211ENST00000531053 853 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 AP000688.1-201ENST00000535199 1221 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 AC012615.3-201ENST00000592884 500 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 AKAP1-201ENST00000314126 2380 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 NCKIPSD-204ENST00000416649 2925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 DSE-202ENST00000359564 4037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 R3HDML-201ENST00000217043 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 AC018892.3-201ENST00000623986 2499 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 UNKL-201ENST00000248104 4320 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 SLC37A4-216ENST00000538950 2032 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 MSH5-203ENST00000375750 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 HDAC11-201ENST00000295757 2960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 ADAMTSL1-207ENST00000380566 2321 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 CERK-201ENST00000216264 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 LINC00926-201ENST00000501726 2530 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 HERPUD1-201ENST00000300302 1862 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 ANKRD26-201ENST00000376087 6591 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 EVL-201ENST00000392920 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 ALK-201ENST00000389048 6220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 CRACR2A-201ENST00000252322 2186 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 FGD5P1-202ENST00000614866 2498 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 F10-202ENST00000375559 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 SLC25A4-201ENST00000281456 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 WRAP53-202ENST00000396463 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 DRC3-202ENST00000399182 1923 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 MARCKS-201ENST00000612661 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 AMPD2-218ENST00000528454 2728 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC28BQ9BUN5 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms