Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 CKMT1B-215ENST00000627381 1074 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 MLPH-203ENST00000409373 2031 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 FGD1-201ENST00000375135 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 GRK5-202ENST00000392870 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 AC023024.1-201ENST00000558838 2590 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 CNN1-210ENST00000592923 1848 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 FOXI2-201ENST00000388920 3217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 HOGA1-202ENST00000370646 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 SRPK3-201ENST00000370100 1717 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 FUNDC2-201ENST00000369498 6455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 PTPN5-202ENST00000396166 2299 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 KIAA2026-201ENST00000381461 6884 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 CCDC50-201ENST00000392455 8429 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 CLASP2-203ENST00000359576 7141 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 CYP4F2-202ENST00000221700 2407 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 KMT2E-201ENST00000257745 6714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 PCDHB13-201ENST00000341948 5061 ntAPPRIS P1 BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 ELP5-201ENST00000354429 1304 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 MAGEA8-201ENST00000286482 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 SNHG18-201ENST00000508179 1799 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 KIAA0391-202ENST00000321130 1589 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 PAX6-276ENST00000640684 1557 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 ADAMTS2-201ENST00000251582 6754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 NFE2-203ENST00000540264 1833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 AL136982.4-201ENST00000437689 1740 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 TNIP1-217ENST00000523200 1743 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 ITGAV-201ENST00000261023 7030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 MKS1-204ENST00000537529 2083 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 RAI14-202ENST00000428746 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 LTC4S-201ENST00000292596 666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 CRYBA2-201ENST00000295728 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 AC004987.2-201ENST00000395959 1148 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 MOB1B-202ENST00000396051 1107 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 AP000355.1-201ENST00000432032 480 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 SS18L2-202ENST00000447630 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 RAB7A-204ENST00000483906 533 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 LINC02123-201ENST00000514869 885 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 RAB1B-202ENST00000527397 991 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 OR10S1-201ENST00000531945 1121 ntAPPRIS P2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 RNF34-208ENST00000555076 593 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 AC040169.1-201ENST00000565382 521 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 AC020934.3-201ENST00000639810 348 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 OR10S1-202ENST00000641123 1121 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 DDB1-201ENST00000301764 4506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 KRT27-201ENST00000301656 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 AC022400.6-201ENST00000603027 5818 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 DCBLD1-202ENST00000338728 3626 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 STEAP3-202ENST00000393107 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 LIPE-AS1-201ENST00000457234 1501 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 C12orf40-202ENST00000405531 1656 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 PAAF1-205ENST00000535604 1695 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 CUL7-203ENST00000535468 5504 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 NSL1-203ENST00000366978 1344 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 TYSND1-202ENST00000335494 3397 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 FOLH1-202ENST00000340334 2697 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 AC138904.3-201ENST00000635780 2681 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 C11orf80-201ENST00000360962 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 TDRP-205ENST00000613071 3421 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 ACSM2B-207ENST00000565232 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 ADAMTS14-202ENST00000373208 5269 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 MCFD2-201ENST00000319466 4182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 AC003986.2-201ENST00000419944 1711 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 USH1C-202ENST00000318024 2237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 TNFRSF10A-201ENST00000221132 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 C12orf49-201ENST00000261318 8404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 FAM160B1-203ENST00000369250 2870 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 YAP1-211ENST00000629586 1365 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 AFAP1-201ENST00000358461 7516 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 SLC12A9-201ENST00000354161 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 UBE3A-207ENST00000614096 8741 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 TRIM46-203ENST00000368383 2666 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 CCNL1-201ENST00000295925 549 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 SPDYE11-202ENST00000450699 704 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 IGHV3-62-201ENST00000520057 340 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 AKIP1-211ENST00000534506 576 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 AC243562.1-201ENST00000560672 389 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 NDUFAB1-205ENST00000570319 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 SPDYE9P-201ENST00000570642 692 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 MIR4313-201ENST00000580760 101 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 SPDYE10P-202ENST00000612005 668 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 SPDYE8P-202ENST00000612377 668 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 SPAG6-201ENST00000313311 2421 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 FLAD1-201ENST00000292180 2160 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 FUT3-209ENST00000589918 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 TSNARE1-201ENST00000307180 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 NEK7-202ENST00000367385 4149 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 HGSNAT-207ENST00000521576 2332 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 TBRG4-201ENST00000258770 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 ETV5-206ENST00000434744 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms