Protein–RNA interactions for Protein: Q9BXA9

SALL3, Sal-like protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,300 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SALL3Q9BXA9 MROH4P-201ENST00000431302 1578 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 HGNC:24955-201ENST00000303177 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 TM6SF2-201ENST00000389363 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 PLIN3-202ENST00000585479 1535 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 PARN-202ENST00000420015 2360 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 AC148477.4-201ENST00000613430 1793 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 CLK3P2-201ENST00000427566 1453 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 UBL7-209ENST00000567435 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 LINC01267-201ENST00000502417 2284 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 CICP11-201ENST00000434745 2827 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 MAGEA12-201ENST00000357916 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 IQCF3-205ENST00000456080 1685 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 AC006058.4-201ENST00000624016 1670 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 SYNGR2-207ENST00000590201 2239 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 SPATS1-201ENST00000288390 1354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 SRSF12-201ENST00000452027 3599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 INPP5K-204ENST00000421807 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 TRA2B-205ENST00000453386 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 THUMPD3-210ENST00000515662 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 RASGEF1C-206ENST00000522500 2055 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 PCED1B-202ENST00000546455 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 DYNLL1-201ENST00000242577 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 SIVA1-202ENST00000347067 550 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 FLG-AS1-204ENST00000420707 906 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 GHSR-202ENST00000427970 912 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 TMEM176B-202ENST00000429904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 XXYLT1-204ENST00000429994 865 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 U52111.1-201ENST00000434284 914 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 GAPDHP40-201ENST00000505218 1006 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 MSC-AS1-206ENST00000519751 596 ntTSL 4 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 AC135586.1-201ENST00000539323 574 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 LINC02356-202ENST00000552663 314 ntTSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 AC025181.2-201ENST00000606994 802 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 IFI27-206ENST00000612813 725 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 IFI27-213ENST00000620066 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 RCAN3-211ENST00000630217 658 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 SHMT2-202ENST00000414700 2006 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 CEACAM19-202ENST00000403660 1982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 XKR4-203ENST00000622811 3907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 AL596257.1-201ENST00000641463 2694 ntBASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 APBB1-217ENST00000608645 1925 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 ACTL9-201ENST00000324436 1426 ntAPPRIS P1 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 DPP6-205ENST00000427557 2388 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 ARMC5-204ENST00000538189 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 UPF3B-202ENST00000345865 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 GRB7-204ENST00000394211 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 TXNDC2-206ENST00000611534 2066 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 ING4-202ENST00000396807 1393 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 MAGEA9-201ENST00000243314 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 NFIC-201ENST00000341919 1573 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 PHKA2-201ENST00000379942 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 ZKSCAN7-202ENST00000341840 1757 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 YY1AP1-210ENST00000368339 3073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 CNKSR1-201ENST00000361530 2625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 GARS-201ENST00000389266 2634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 MEGF10-206ENST00000508365 2365 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 ARHGAP9-201ENST00000393791 2597 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 TMEM117-201ENST00000266534 2758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 SLC12A5-209ENST00000616201 2955 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 BHLHE41-201ENST00000242728 3837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 GOLIM4-201ENST00000309027 2100 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 VCX-201ENST00000341408 677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 CKS1B-202ENST00000368436 820 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 AL096814.1-202ENST00000372963 647 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 MIR661-201ENST00000384842 89 ntBASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 OST4-202ENST00000447619 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 AL033519.3-201ENST00000450618 595 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 AC093214.1-201ENST00000511688 1107 ntBASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 IL32-211ENST00000525643 1272 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 IL32-213ENST00000528163 950 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 STOM-203ENST00000538954 1257 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 IL32-231ENST00000551513 791 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 PCDHGC3-204ENST00000617222 731 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 AL645728.2-202ENST00000641679 227 ntBASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 LYPLA1-214ENST00000618741 2526 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 RUSC1-205ENST00000368354 3114 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
SALL3Q9BXA9 SLC52A3-201ENST00000217254 2654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SALL3Q9BXA9 KYAT1-202ENST00000320665 1623 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SALL3Q9BXA9 SNHG22-201ENST00000589499 1615 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SALL3Q9BXA9 ZNF706-201ENST00000311212 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SALL3Q9BXA9 RTN1-209ENST00000611068 2647 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SALL3Q9BXA9 STK40-202ENST00000373129 3846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SALL3Q9BXA9 MYH14-206ENST00000596571 5988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SALL3Q9BXA9 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SALL3Q9BXA9 SLC35F2-204ENST00000525815 3170 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SALL3Q9BXA9 PBX3-204ENST00000373489 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SALL3Q9BXA9 PTGES3L-AARSD1-204ENST00000421990 2150 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SALL3Q9BXA9 SLC6A13-203ENST00000445055 1950 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SALL3Q9BXA9 TMEM150A-203ENST00000409668 1776 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SALL3Q9BXA9 NUP88-207ENST00000573584 2916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SALL3Q9BXA9 UROC1-202ENST00000383579 2735 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SALL3Q9BXA9 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.1 ms