Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 CEND1P1-201ENST00000451006 455 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 SERF1A-207ENST00000512649 846 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 TSFM-210ENST00000550559 897 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 BANF1P1-201ENST00000553684 263 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AC243965.1-201ENST00000557595 781 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ZNF586-205ENST00000598885 578 ntTSL 4 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CU104787.1-201ENST00000624155 288 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ZP3-201ENST00000336517 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 RAPSN-203ENST00000524487 1462 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 PCGF2-206ENST00000618941 1499 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 MARCH2-208ENST00000602117 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 LINC00884-202ENST00000448892 2680 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 MTA2-201ENST00000278823 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 LAT2-202ENST00000344995 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 DGKI-201ENST00000288490 3895 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ITGB7-201ENST00000267082 2867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CACNB3-201ENST00000301050 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 SYT1-201ENST00000261205 4808 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ARHGEF7-214ENST00000478679 1833 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 SMAP1-202ENST00000370452 2491 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 HNRNPK-204ENST00000376263 2942 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 PLTP-205ENST00000477313 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 SNX14-215ENST00000513865 2259 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 KIF18B-204ENST00000593135 2745 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 PROSER1-211ENST00000625998 5102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 H6PD-201ENST00000377403 9146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 SSFA2-202ENST00000409001 4987 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 DYM-201ENST00000269445 5049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CYB5R1-201ENST00000367249 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CTSD-201ENST00000236671 2123 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 MAGEA8-204ENST00000535454 2112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 KCNQ2-204ENST00000359125 3253 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 GPSM3-206ENST00000375040 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 TCAF2P1-201ENST00000291129 2421 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 SGK3-211ENST00000522398 3106 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CACNB2-206ENST00000377328 1233 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 TMEM239-202ENST00000380585 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 SNRPB-201ENST00000381342 1154 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AC064807.1-202ENST00000423716 936 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 FAM58DP-201ENST00000428076 619 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AC005237.2-201ENST00000434368 219 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 SNHG11-207ENST00000434729 1058 ntTSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 NICN1-204ENST00000436744 1271 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 SNRPB-202ENST00000438552 1008 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AC022201.2-201ENST00000445084 287 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 TMEM44-AS1-203ENST00000453671 1119 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ALG1L8P-201ENST00000533887 760 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 TWSG1-202ENST00000581641 1119 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AC107896.1-201ENST00000593212 548 ntTSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AC008761.1-201ENST00000595363 217 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AC016727.1-203ENST00000603199 540 ntTSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AL513210.1-201ENST00000629608 234 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 HAUS2-211ENST00000639412 375 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 TPBG-202ENST00000535040 3392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 HTR3A-203ENST00000375498 2235 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ARF6-201ENST00000298316 3865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 RNASE4-203ENST00000555835 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ZCCHC4-201ENST00000302874 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 GOLM1-203ENST00000388712 3046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 SH3BP4-203ENST00000409212 5231 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 UNC13A-204ENST00000550896 5200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 GPN1-212ENST00000616939 1832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 GRIK5-204ENST00000593562 3308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ELMOD1-201ENST00000265840 2852 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CYP4F22-201ENST00000269703 2641 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 SULT1C4-201ENST00000272452 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CBS-204ENST00000398165 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ANKMY1-207ENST00000403283 2874 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ARHGAP35-201ENST00000404338 8889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 PHF10-205ENST00000612128 4395 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
SDC1P18827 TVP23C-203ENST00000428082 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 DHX36-201ENST00000308361 3487 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 PPOX-201ENST00000352210 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CACNA1A-240ENST00000637432 7809 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CACNA1A-258ENST00000638029 7814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 SELENOV-201ENST00000335426 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 MUTYH-209ENST00000448481 1706 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 CYP2R1-207ENST00000532378 1746 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 TRIM46-209ENST00000543729 1703 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 SELENOV-205ENST00000622070 1704 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 BICDL1-201ENST00000397558 3055 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 LSMEM2-201ENST00000316436 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 ELAVL3-201ENST00000359227 4729 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 NRG1-202ENST00000356819 5931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 NAA30-204ENST00000556492 7644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 TPO-203ENST00000346956 2923 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 SLC8B1-201ENST00000202831 2975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 PFN4-201ENST00000313213 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
SDC1P18827 AC136604.1-201ENST00000418535 575 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 83.9 ms