Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 CFLAR-205ENST00000342795 1613 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 SLC35E2B-204ENST00000614300 2156 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 TDRD7-201ENST00000355295 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 TBX4-201ENST00000240335 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 SNX9-201ENST00000392185 4198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 CFLAR-214ENST00000443227 1679 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 CCDC110-209ENST00000510617 2592 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.95
CCDC9Q9Y3X0 LINC01144-201ENST00000626198 1710 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 IGSF8-201ENST00000314485 2343 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 RIBC2-202ENST00000614167 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 ZSCAN10-202ENST00000538082 2350 ntTSL 4 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 SLC22A3-201ENST00000275300 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 IGLV4-69-201ENST00000390282 419 ntAPPRIS P1 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 MB-205ENST00000406324 582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 AL121601.1-201ENST00000426367 326 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 MAGEA5-201ENST00000446757 942 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 COX5BP1-201ENST00000507622 393 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 AC026410.3-201ENST00000514280 936 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 AC100810.1-201ENST00000518822 978 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 MSRB3-209ENST00000540804 884 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 AC004803.1-204ENST00000543290 512 ntTSL 4 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 FGFR3P5-201ENST00000564496 886 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 AC021594.1-201ENST00000587174 636 ntTSL 3 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 AC008763.2-203ENST00000595866 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 AC010323.1-201ENST00000598884 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 AC132938.4-201ENST00000623835 848 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 TSNARE1-201ENST00000307180 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 LAT-203ENST00000395456 1616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB32-201ENST00000262630 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 CCDC183-201ENST00000338005 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 SLC39A6-202ENST00000440549 1657 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 PON2-201ENST00000222572 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 FLAD1-203ENST00000315144 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 TRIM24-201ENST00000343526 8410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 TNKS1BP1-207ENST00000532437 5952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 NFATC2-206ENST00000609943 5690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 AL034550.2-201ENST00000620523 1771 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 MOV10L1-201ENST00000262794 3960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 EIF4G3-212ENST00000602326 6196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 PTK7-202ENST00000230419 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 NR6A1-205ENST00000487099 7031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 P2RY4-201ENST00000374519 1595 ntAPPRIS P1 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 TRIM13-201ENST00000356017 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 LCN9-201ENST00000277526 531 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 TMEM254-204ENST00000372277 366 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 EEF1B2-202ENST00000392221 880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 PGGT1BP2-201ENST00000398621 1028 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 POM121L10P-201ENST00000436994 1285 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 AC025165.3-201ENST00000471530 679 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 AC134698.3-201ENST00000523880 214 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 AC107373.2-201ENST00000607735 490 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 LCN9-204ENST00000619315 528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 HLA-DQB1-204ENST00000399084 1734 ntAPPRIS P1 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 TUBA1C-201ENST00000301072 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 MAP6-202ENST00000434603 4329 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 FXYD3-202ENST00000346446 1320 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 DRD5P1-201ENST00000456605 1438 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 AANAT-201ENST00000250615 1913 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 NEO1-206ENST00000558964 4441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 COL9A1-201ENST00000320755 3059 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 KRT35-202ENST00000393989 1670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 PTGDR-201ENST00000306051 2942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 ACSM2A-203ENST00000417235 1835 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 TXNRD3NB-202ENST00000383572 1131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 Z97180.1-201ENST00000445173 988 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 SPTLC1P5-201ENST00000450718 252 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 AC008267.1-201ENST00000474858 1069 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 AGTRAP-212ENST00000510878 849 ntTSL 3 BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 AC005262.2-201ENST00000587701 452 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 AC011495.3-201ENST00000596472 427 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 AC138649.2-201ENST00000615886 705 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 AC006453.4-201ENST00000636949 1252 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 RDH13-223ENST00000610356 1931 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 KDM5C-202ENST00000375379 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 LAMC1-201ENST00000258341 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 FAM9B-202ENST00000362066 2047 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 BCL2L13-206ENST00000399782 1381 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 PRR30-202ENST00000432962 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 EVC2-202ENST00000344408 4390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 AL354989.2-201ENST00000435838 1540 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 SGK3-206ENST00000520976 2483 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 OR2C3-203ENST00000617752 2481 ntAPPRIS P1 BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 FANCA-213ENST00000563673 1694 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC9Q9Y3X0 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.7 ms