Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 ARSK-202ENST00000504763 1088 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 MRPL52-208ENST00000553711 586 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 TMEM97-205ENST00000583381 578 ntTSL 4 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 CNDP1-201ENST00000358821 2215 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 ZEB2-225ENST00000558170 4012 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 CABP1-201ENST00000288616 1369 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 TEAD2-203ENST00000539846 1444 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 ANKLE2-210ENST00000542657 2446 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 PIK3IP1-201ENST00000215912 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 RALGDS-201ENST00000372047 3598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 ARHGAP6-204ENST00000380718 3632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 KCNT1-208ENST00000488444 3696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 ING1-203ENST00000375774 2870 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 SPDYE2B-203ENST00000507450 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 SPDYE2-203ENST00000507918 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 NCKIPSD-204ENST00000416649 2925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 HNRNPDL-208ENST00000621267 4139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 GPI-205ENST00000586425 1799 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 SPOCK3-201ENST00000357154 2986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 CCP110-201ENST00000381396 5446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 TSEN2-207ENST00000454502 1909 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 TSG101-204ENST00000536719 2101 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 IVL-201ENST00000368764 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 RELA-227ENST00000615805 2236 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 MAPT-204ENST00000344290 6816 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 ACSM2B-207ENST00000565232 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 SLC4A7-212ENST00000446700 4000 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 AC123912.2-201ENST00000594927 2409 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 B4GALT3-213ENST00000622395 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 HOXA-AS2-202ENST00000517635 2455 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 MED16-203ENST00000325464 2922 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 MPP6-201ENST00000222644 8452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 PER2-201ENST00000254657 6385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 NRN1L-201ENST00000339176 710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 GBGT1-201ENST00000372036 871 ntTSL 3 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 ADARB2-201ENST00000381305 703 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 MMP17-203ENST00000535004 719 ntTSL 3 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 AC004597.1-201ENST00000595525 561 ntTSL 4 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 GGTLC5P-201ENST00000617623 998 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 BICD1-205ENST00000550207 1328 ntTSL 3 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 TOB2-201ENST00000327492 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 DUSP6-202ENST00000308385 1959 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 MEOX1-202ENST00000329168 2129 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 RPN1-207ENST00000497289 2137 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 MLPH-204ENST00000410032 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 C6orf120-201ENST00000332290 2667 ntAPPRIS P1 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 NAALADL1-204ENST00000358658 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 PRSS30P-203ENST00000476276 2855 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 ATP11A-AS1-201ENST00000446442 2192 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 SLC6A8-204ENST00000430077 1892 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 UBXN11-204ENST00000374217 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 C1QTNF6-202ENST00000397110 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 RBFOX3-212ENST00000584778 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 SRSF8-201ENST00000587424 4028 ntAPPRIS P1 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 LINC02415-201ENST00000508505 1315 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 PPIB-201ENST00000300026 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 AP4S1-202ENST00000313566 839 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 LYPLA2-204ENST00000374505 907 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 EHF-205ENST00000527935 557 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 AL365330.1-201ENST00000607459 531 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 AC090164.4-201ENST00000632451 313 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 PARP10-201ENST00000313028 3497 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 EFNB1-201ENST00000204961 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 C5orf24-204ENST00000504727 2923 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 RAB37-206ENST00000392615 2655 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 LIMK2-204ENST00000406516 2657 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 CYP26A1-202ENST00000371531 2245 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 ZNF485-201ENST00000361807 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 PCTP-201ENST00000268896 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 RNF222-202ENST00000399398 3062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 NFE2-203ENST00000540264 1833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 SEC24D-202ENST00000419654 2786 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 SLC39A1-204ENST00000368623 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 PITPNM3-201ENST00000262483 7086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms