Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 IL32-235ENST00000613483 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AC005702.4-201ENST00000618393 416 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 GRM5-205ENST00000455756 7927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 GLMP-201ENST00000362007 1604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 GALNT6-201ENST00000356317 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AC136759.1-201ENST00000534201 2163 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 PLEKHB1-202ENST00000354190 2380 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AL513523.2-202ENST00000427283 2040 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 TGIF1-205ENST00000401449 1670 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 VEPH1-218ENST00000494677 1714 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 BTN1A1-202ENST00000613186 2266 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 CCDC90B-203ENST00000525503 1919 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 THRA-203ENST00000450525 4895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AC104809.1-201ENST00000425110 2345 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 DUOXA2-201ENST00000323030 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 PLEKHA8-205ENST00000449726 7835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 ABCB10-201ENST00000344517 3857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 SURF4-208ENST00000613129 3148 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 UBA6-AS1-201ENST00000498917 1445 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 CCNA2-201ENST00000274026 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 SLC27A1-201ENST00000252595 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 GPAT3-208ENST00000611707 2633 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 ATP2B1-AS1-201ENST00000605386 3632 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 TNNI1-203ENST00000367312 1100 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 NUDT1-205ENST00000397048 783 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 ATP5J-205ENST00000400094 589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 TPM1-207ENST00000403994 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AC099754.1-201ENST00000435884 454 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AL356489.1-201ENST00000449144 1144 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AL161781.2-201ENST00000509911 739 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AC009720.1-201ENST00000511867 586 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AC092552.1-201ENST00000547243 906 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 TGIF2-C20orf24-201ENST00000558530 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AC009133.2-201ENST00000566537 547 ntTSL 4 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AC138207.8-201ENST00000579692 739 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 SMIM22-202ENST00000586440 549 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 BTNL10-201ENST00000595971 695 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AL365330.1-201ENST00000607459 531 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 SYT12-203ENST00000525457 1678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AIFM1-201ENST00000287295 2260 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 ELK1-203ENST00000376983 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 HIBCH-202ENST00000392332 2463 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 LINC01502-201ENST00000445997 2471 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 ADAM15-228ENST00000531455 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AP2A2-201ENST00000332231 4656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 ITGA3-202ENST00000320031 4888 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 LINC02199-201ENST00000506655 2702 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 NEK2-202ENST00000366999 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 FKBP8-201ENST00000222308 1710 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 EIF3K-203ENST00000545173 1327 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 CCNC-209ENST00000520371 2186 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 CTSD-213ENST00000637915 1982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 PCGF1-201ENST00000233630 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 MIOS-202ENST00000405785 3095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 ELAVL2-208ENST00000544538 3789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 CHAT-203ENST00000351556 2286 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 BMI1-201ENST00000376663 3428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 ILVBL-201ENST00000263383 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 NBEAL2-205ENST00000450053 8827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 CPXM1-201ENST00000380605 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 POTEE-204ENST00000613282 1926 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 POTEI-202ENST00000615053 1926 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 CRYM-201ENST00000219599 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 FAM76B-201ENST00000358780 3952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 PI16-201ENST00000373674 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 SLC9A7-201ENST00000328306 3838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 PHACTR1-202ENST00000379329 707 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AL109811.2-201ENST00000447600 487 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 FAM162A-202ENST00000469967 1015 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 LIMS3-203ENST00000480744 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 LINC01336-201ENST00000503568 534 ntTSL 4 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AC119751.2-201ENST00000504529 210 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 FAM8A2P-201ENST00000528813 1142 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AL163974.1-201ENST00000554540 466 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 YIF1B-214ENST00000591784 940 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 FLT3LG-205ENST00000596435 1034 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 AC010319.3-201ENST00000597028 470 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 SYNE2-228ENST00000639659 1290 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 PEA15-202ENST00000368076 2694 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 FHL2-205ENST00000393353 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 B4GALNT4-201ENST00000329962 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 TSC22D3-203ENST00000372383 2266 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 URAHP-202ENST00000409873 1349 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 UNC5D-203ENST00000416672 3532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 TVP23B-201ENST00000307767 2064 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 LYNX1-206ENST00000621401 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 TPCN1-201ENST00000335509 5274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 TSHZ1-204ENST00000580243 3582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 NOL4L-210ENST00000616976 1376 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 COG5-203ENST00000393603 5418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 TUBGCP2-202ENST00000368562 2685 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 RUSC1-201ENST00000292254 2163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 QRFP-202ENST00000623824 1658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 IGHM-202ENST00000637539 1683 ntAPPRIS P5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
USP39Q53GS9 SCP2-204ENST00000407246 2239 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.5 ms