Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 TM4SF19-201ENST00000273695 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 CDKN1A-202ENST00000373711 793 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 MIR648-201ENST00000385046 94 ntBASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 MIR658-201ENST00000385210 100 ntBASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 KRTAP10-1-201ENST00000400375 1215 ntAPPRIS P1 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC093151.3-201ENST00000425554 623 ntTSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 MUSTN1-201ENST00000446157 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AP002008.1-201ENST00000530283 1155 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC034102.5-201ENST00000548731 540 ntTSL 4 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 POLE2-203ENST00000553805 496 ntTSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 PSMD7-204ENST00000567958 692 ntTSL 3 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 DUSP13-214ENST00000607131 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 TBC1D10A-203ENST00000403362 1833 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ZP3-204ENST00000416245 1846 ntTSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 FKBPL-201ENST00000375156 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ESR2-209ENST00000555278 1883 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 SSH3-203ENST00000376757 2990 ntTSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ARHGEF1-204ENST00000378152 2986 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 PLPPR5-202ENST00000370188 4139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 MYCBPAP-201ENST00000323776 3186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 CACNB3-201ENST00000301050 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ITGA8-201ENST00000378076 6755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 SHISA5-208ENST00000442747 2250 ntTSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 DMAC2-210ENST00000592922 1622 ntTSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ACOT9-201ENST00000336430 1675 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC025165.1-201ENST00000356672 2355 ntTSL 5 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 SLC46A2-201ENST00000374228 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 PLEKHA8P1-201ENST00000256692 1839 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC068831.3-201ENST00000553321 1858 ntTSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 WDR1-202ENST00000382451 2722 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 HBP1-201ENST00000222574 2829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 RAB9A-202ENST00000464506 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 TRMT2A-202ENST00000403707 2928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 NDUFA2-201ENST00000252102 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ACRV1-201ENST00000315608 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 IDH3B-202ENST00000380851 1230 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 GSKIP-201ENST00000438650 2140 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC073130.2-202ENST00000444244 842 ntTSL 3 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 EEF1DP4-201ENST00000446006 880 ntBASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC119751.2-201ENST00000504529 210 ntBASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC124067.4-202ENST00000522471 397 ntTSL 3 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AP001995.1-201ENST00000531784 1157 ntTSL 4 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 KRT17P8-201ENST00000540749 863 ntBASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC016727.1-204ENST00000578974 420 ntTSL 3 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC010327.1-201ENST00000587871 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 SFT2D2-204ENST00000630869 1073 ntTSL 4 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 MRI1-202ENST00000319545 3027 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ZMIZ1-205ENST00000611351 2196 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 LFNG-205ENST00000402506 2268 ntTSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 PRRG2-201ENST00000246794 1404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 RNLS-201ENST00000331772 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 EPB41L3-202ENST00000342933 4270 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 HFE2-205ENST00000497365 1419 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 SMIM5-201ENST00000375215 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 MSC-AS1-208ENST00000522519 1537 ntTSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 TRIM24-202ENST00000415680 3799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 C19orf54-201ENST00000378313 2753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ZNF574-202ENST00000359044 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 NDRG2-211ENST00000397858 2054 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 UHRF2-201ENST00000276893 3452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 GFM1-208ENST00000478576 2147 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 RHOC-201ENST00000285735 2199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 LINC02551-202ENST00000533812 2203 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 STT3B-201ENST00000295770 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 DDX5-201ENST00000225792 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 PCDHGB2-202ENST00000622527 2588 ntAPPRIS P1 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 KCND3-202ENST00000315987 2716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 CD55-204ENST00000367064 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 TPST2-201ENST00000338754 5697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 LCE3A-201ENST00000335674 270 ntAPPRIS P1 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AL353597.1-201ENST00000414875 998 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 APOA1-AS-201ENST00000444200 563 ntTSL 4 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 COMT-209ENST00000449653 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 NME4-207ENST00000450036 985 ntTSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 FAM8A2P-201ENST00000528813 1142 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 YEATS4-202ENST00000548020 1100 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 SUOX-214ENST00000551841 906 ntTSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 LINC00237-203ENST00000593272 630 ntTSL 4 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 PRR30-202ENST00000432962 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ATP4B-201ENST00000335288 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 FDPS-201ENST00000356657 1478 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 IMPDH1P4-201ENST00000445028 1534 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 LCORL-201ENST00000326877 5604 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 RUSC1-203ENST00000368349 1968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 CRYZL1-202ENST00000361534 2224 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 DLGAP1-220ENST00000581699 2258 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 LINC02228-204ENST00000642115 2962 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 BTNL9-201ENST00000327705 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 DGAT1-206ENST00000528718 3711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 FGFR3-208ENST00000481110 4217 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 OTX1-201ENST00000282549 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 OTX1-202ENST00000366671 2861 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 LOXL3-203ENST00000409249 2431 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.5 ms