Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 PCYOX1L-201ENST00000274569 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 OLA1-202ENST00000344357 1656 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 SH3BP4-201ENST00000344528 5044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 CNKSR1-214ENST00000531191 2673 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC087499.5-201ENST00000452760 1342 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 LINC01979-201ENST00000576738 5271 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 NFIA-205ENST00000371189 1989 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 SP2-201ENST00000376741 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 MBP-202ENST00000355994 2772 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 PRSS54-204ENST00000567164 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 HNRNPA3-201ENST00000392524 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC074338.1-201ENST00000416825 156 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC007405.3-202ENST00000426475 660 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 LINC01160-201ENST00000441004 768 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 TARDBPP1-201ENST00000442013 1203 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 TMEM176B-205ENST00000450753 1006 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC093904.3-201ENST00000492300 368 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AL160313.1-201ENST00000502101 1039 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC091133.3-201ENST00000504865 432 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 PDCD6-202ENST00000505221 672 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC025048.3-201ENST00000590609 569 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AL136531.2-202ENST00000617804 573 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC005702.4-201ENST00000618393 416 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 HOTAIRM1_1.1-201ENST00000622675 125 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 ILDR1-202ENST00000344209 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC104407.1-201ENST00000511017 1568 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AP000704.1-201ENST00000637940 2182 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 ACTN2-207ENST00000546208 5103 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 TK2-203ENST00000451102 3738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 RABL2B-204ENST00000395593 2341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 ZNF114-204ENST00000595607 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 SH2B1-201ENST00000322610 3095 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 IDH3B-201ENST00000380843 1545 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC005622.1-202ENST00000637093 1543 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 MFGE8-215ENST00000566497 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 RSRP1-202ENST00000431849 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 POLR1D-212ENST00000630983 1931 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 DOK5-202ENST00000395939 1453 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 CASK-202ENST00000378158 3848 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 TIGD2-202ENST00000603357 3217 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 NPRL3-201ENST00000399953 2784 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 LTF-203ENST00000426532 2494 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 FKBP8-201ENST00000222308 1710 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 MMADHC-203ENST00000428879 1726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 MCF2L2-208ENST00000473233 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 ZNF76-202ENST00000339411 2447 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC002310.1-201ENST00000457283 1445 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 DNM1-201ENST00000341179 3254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 C2orf40-201ENST00000238044 789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 EIF4E-201ENST00000280892 1097 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 FCRLB-204ENST00000367946 1152 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 OST4-202ENST00000447619 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 MLF1-206ENST00000471745 1266 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 TSC22D3-213ENST00000506081 956 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC093214.1-201ENST00000511688 1107 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 RAB30-AS1-207ENST00000533708 825 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 RHBDL2-203ENST00000540558 697 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC044860.1-202ENST00000559481 777 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 DUT-210ENST00000559935 569 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 CD300LG-205ENST00000586233 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 RAB3D-202ENST00000589655 924 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 KLK15-203ENST00000596931 692 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 KLK15-204ENST00000598239 855 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC105277.1-203ENST00000635492 1293 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 RAB34-223ENST00000636154 730 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 ILF3-AS1-201ENST00000591501 1983 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 VPS26A-201ENST00000263559 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 CDK11B-204ENST00000407249 2677 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 DEPDC5-203ENST00000400242 2395 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 DENND1A-202ENST00000373620 3612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 CNPY4-201ENST00000262932 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 PTGES3-202ENST00000414274 1547 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 XPO5-201ENST00000265351 5364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ZBTB47-202ENST00000505904 2456 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 DUSP26-203ENST00000523956 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 LTBP2-205ENST00000556690 5614 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ANXA6-211ENST00000521512 1793 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 STAT1-202ENST00000392322 2716 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 SLC30A1-201ENST00000367001 5474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AC022613.1-201ENST00000536835 2530 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 LINC02268-202ENST00000515444 1328 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 NKIRAS1-208ENST00000443659 2391 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 TUBB3-206ENST00000554444 1978 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ING5-213ENST00000636051 4199 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 MANSC1-202ENST00000535902 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 WDR45B-201ENST00000392325 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 CHIA-203ENST00000353665 1214 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 OSTC-201ENST00000361564 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 VMA21-202ENST00000370361 693 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 WFDC3-204ENST00000372632 704 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 PSMB8-203ENST00000395339 1025 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AC093702.1-201ENST00000423433 367 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AC092910.3-202ENST00000469070 982 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AL161781.2-201ENST00000509911 739 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AL109827.1-203ENST00000541176 872 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 MAPKAPK5-203ENST00000547305 494 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
VPS54Q9P1Q0 AC243964.2-202ENST00000591312 752 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.2 ms