Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 RAB43P1-201ENST00000561790 589 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
CCDC3Q9BQI4 RBFOX1-212ENST00000550418 4775 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 PM20D2-201ENST00000275072 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 FAM66C-209ENST00000544214 2623 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 ELN-207ENST00000380562 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 CCT2-202ENST00000543146 2189 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 CHAT-201ENST00000337653 2458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 TNRC18-202ENST00000399434 1459 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 UBE3B-202ENST00000342494 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 SLC25A23-202ENST00000301454 3425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 DRC3-201ENST00000313838 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 SGPP1-201ENST00000247225 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 CLIC5-202ENST00000339561 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 PANK4-201ENST00000378466 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 GNAS-212ENST00000371098 1719 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 ETV4-211ENST00000591713 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 DDC-202ENST00000380984 1366 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 KRT8-215ENST00000552150 1687 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 ACAP1-201ENST00000158762 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 CPNE6-201ENST00000397016 2235 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 CPNE6-203ENST00000537691 2233 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 CEP170B-203ENST00000453495 6813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 TTC28-AS1-219ENST00000454741 5064 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 F3-202ENST00000370207 1879 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 SLC52A1-202ENST00000424747 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 ATP6V0B-201ENST00000236067 944 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 TM4SF19-201ENST00000273695 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 TMEM26-AS1-201ENST00000389640 863 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 TPSD1-202ENST00000397534 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 COPS6-202ENST00000418625 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 PTPA-213ENST00000419582 952 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 C9orf41-AS1-201ENST00000455609 719 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 ATP6V0B-211ENST00000498664 825 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 TMEM218-210ENST00000529609 734 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AC008969.1-205ENST00000553254 876 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 RRP7BP-205ENST00000566851 833 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AC106886.1-201ENST00000568660 600 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 FXYD6-216ENST00000584230 566 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AC111170.2-201ENST00000585369 768 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 NOP16-209ENST00000618911 1087 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 PYCR3-201ENST00000220966 2678 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 C16orf89-203ENST00000474471 1829 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 LRRK1-201ENST00000388948 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 DIXDC1-201ENST00000440460 5897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 EIF2B4-212ENST00000622434 1771 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 SREBF1-201ENST00000261646 4178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 KRAS-202ENST00000311936 5765 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 COBL-203ENST00000395542 5339 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 TEAD2-203ENST00000539846 1444 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 PPL-205ENST00000590782 5845 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AASDHPPT-201ENST00000278618 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 CHTOP-203ENST00000368690 2165 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 MPP1-205ENST00000413259 2195 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AP1AR-201ENST00000274000 2902 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 USP2-202ENST00000455332 2903 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 SLC37A1-201ENST00000352133 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 RIC8B-213ENST00000638198 1611 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 MIB2-217ENST00000504599 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 MARK4-202ENST00000300843 5209 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 LINC01118-203ENST00000479311 1588 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 NCOA5-201ENST00000290231 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AC007381.1-201ENST00000457668 2005 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 ZNF133-204ENST00000396026 2717 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 RABEPK-206ENST00000628863 1537 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 MAFB-201ENST00000373313 3393 ntAPPRIS P1 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 ATG2A-201ENST00000377264 6357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 MIR1909-201ENST00000411312 80 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 PABPN1L-201ENST00000411789 873 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 TEX26-AS1-201ENST00000411835 1203 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 TMEM176B-202ENST00000429904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AL031283.3-201ENST00000439788 727 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 MOGAT3-203ENST00000440203 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 ZNF707-203ENST00000442058 562 ntTSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AC091133.3-201ENST00000504865 432 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 PNOC-204ENST00000522209 1007 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 RAB1B-202ENST00000527397 991 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AC009088.3-201ENST00000563605 357 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 MIR6805-201ENST00000615055 62 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 HIST1H2BO-201ENST00000616182 381 ntAPPRIS P1 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 NDUFS7-218ENST00000618074 688 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 ANKRD35-202ENST00000544626 3093 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 TAGLN3-202ENST00000393917 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 OPN5-204ENST00000489301 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AL662844.4-201ENST00000606367 2838 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 VPS54-201ENST00000272322 3463 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 HASPIN-201ENST00000325418 2797 ntAPPRIS P1 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 DACH1-203ENST00000619232 2986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 CTXND1-201ENST00000560778 6890 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 AMZ1-201ENST00000312371 5516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 GLIPR2-205ENST00000619700 1645 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 RCOR3-204ENST00000452621 1827 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 ADAM6-201ENST00000606026 1843 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 SPG7-201ENST00000268704 3076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 RPS6KL1-201ENST00000354625 5195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 TLE2-202ENST00000426948 2406 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 LLGL2-201ENST00000167462 3480 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
CCDC3Q9BQI4 TOM1-204ENST00000411850 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.9 ms